请问怎样在GAFF下跑隐式溶剂模型？

yihanxu

老师好，大家好，请问怎样在GAFF下跑隐式溶剂模型？我提交任务后得到：
GB parameter(s) missing or negative for atom type 'cc'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'na'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'hn'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'h4'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'ha'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 's'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'Li'

Fatal error:
Can't do GB electrostatics; the implicit_genborn_params section of the
forcefield is missing parameters for 7 atomtypes or they might be negative.


参数值的选取和力场有关吗？看了手册，好像是只需要gbr和htc(用obc的话也是写在这列吧？）两个参数，原子类型比如Li的gbr和obc参数可以在哪里查到可靠的数值呢？amber99sb-ildn力场中已有的可以直接拿来用吗？
谢谢。

yihanxu

如果用的是默认的ACE approximation方法计算非极性部分，所涉及的溶剂探针半径是在哪里设置的呢？谢谢。

sobereva

gmx在GAFF下没法直接跑GB模型，你得提供类似自带的amber目录下的gbsa.itp文件那样的GB参数才行。有些GAFF的原子类型实质上和AMBER是等同的，这些可以挪过去用

黑色幽默pxj

请问楼主最后这个问题怎么解决的呢？我也遇到相似的问题，不过我用的charmm力场，我的蛋白里面有金属原子，再用隐式溶剂跑的时候也遇到相同错误
GB parameter(s) missing or negative for atom type 'MG'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'CAL'

-------------------------------------------------------
Program gmx grompp, VERSION 5.1.2
Source code file: /export/src/gromacs-5.1.2/src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.c, line: 1303

Fatal error:
Can't do GB electrostatics; the implicit_genborn_params section of the forcefield is missing parameters for 2 atomtypes or they might be negative.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS

请问楼主知道如何解决吗

yihanxu

黑色幽默pxj 发表于 2020-7-21 15:49
请问楼主最后这个问题怎么解决的呢？我也遇到相似的问题，不过我用的charmm力场，我的蛋白里面有金属原子， ...

我最后没有用隐式溶剂模型了，抱歉