求助：液相下金属表面吸附问题系综的选择

ocbrother · 发表于 Post on 2020-9-27 14:45:46

各位老师和各位科研同志们好，看了论坛关于利用MS 研究液相下金属表面吸附问题系综的选择的很多帖子，有个问题想请教。
对于这样的体系来说，在不确定体系密度的情况下，得先用NPT系综设定P和T之后进行模拟，得到体系的密度，跑完之后，再把系综改成NVT系综再进行动力学模拟。
想问问在NPT系综平衡之后，能不能不选择改变系综，而是延长模拟的时间，还是说必须要改成NVT，那改成NVT的原因又是什么呢？

naoki · 发表于 Post on 2020-9-27 14:48:21

本帖最后由 naoki 于 2020-9-27 15:14 编辑

直接NPT即可，我感觉没有啥理由用NVT。
你可以在Berendsen压浴下跑出密度，然后在Parrinello-Rahman压浴下跑成品md

ocbrother · 发表于 Post on 2020-9-27 16:19:16

naoki 发表于 2020-9-27 14:48
直接NPT即可，我感觉没有啥理由用NVT。
你可以在Berendsen压浴下跑出密度，然后在Parrinello-Rahman压浴下 ...

好的，谢谢指点。

ocbrother · 发表于 Post on 2020-9-28 17:07:00

naoki 发表于 2020-9-27 14:48
直接NPT即可，我感觉没有啥理由用NVT。
你可以在Berendsen压浴下跑出密度，然后在Parrinello-Rahman压浴下 ...

你好，再来请教一个问题。
在用AC建立盒子模型时，会涉及到密度的设置，这个密度是作为模拟的初始密度，在NPT系综下，这个初始密度会随着盒子体积变化而变化，最终达到平衡时，整个体系的密度就确定下来？如果是这样的话，这个初始密度只要设置的不离谱是不是就都没问题？

naoki · 发表于 Post on 2020-9-28 18:24:08

ocbrother 发表于 2020-9-28 17:07
你好，再来请教一个问题。
在用AC建立盒子模型时，会涉及到密度的设置，这个密度是作为模拟的初始密度， ...

是的，建盒子不用整太密

ocbrother · 发表于 Post on 2020-9-28 18:34:03

naoki 发表于 2020-9-28 18:24
是的，建盒子不用整太密

好的谢谢你

ocbrother · 发表于 Post on 2020-10-12 15:59:17

naoki 发表于 2020-9-28 18:24
是的，建盒子不用整太密

老铁你好，我用berrndsen跑出密度是2.8,然后用PR压浴继续跑，其他设置都没变，结果密度又变成了2.3。
请问换了压力控制之后，密度变化是正常的的吗

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