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[GROMACS] 求助:gromacs跑完npt以后盒子出现空洞

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本帖最后由 王珑霏 于 2021-12-22 16:00 编辑

跑完nvt以后体系是正常的,但是跑完npt以后盒子变大且出现了空洞,前两张图片是nvt之后的,最后一张是npt之后的,附上使用的npt.mdp,会跟两片材料之间的距离有关系吗

1640159762(1).png (291.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

1640159762(1).png

1640159776(1).png (300.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

1640159776(1).png

1640159706(1).png (51.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

1640159706(1).png

npt.mdp

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发表于 Post on 2021-12-22 01:16:58 | 只看该作者 Only view this author
信息不充分
NVT跑完了是什么样(截图)、当前盒子是什么样(画出边框)、体系XYZ方向各是哪个,等等
什么都不交代谁也没法回复
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发表于 Post on 2021-12-22 21:33:48 | 只看该作者 Only view this author
建议 Z轴方向的ref_p压力1bar改成100bar试试,还有NPT的时间有点短,看看输出文件edr导出密度是否已经稳定

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发表于 Post on 2024-1-18 12:34:49 | 只看该作者 Only view this author
zaqxs234 发表于 2021-12-22 21:33
建议 Z轴方向的ref_p压力1bar改成100bar试试,还有NPT的时间有点短,看看输出文件edr导出密度是否已经稳定

你好,我想请问一下z方向改为100bar是先让他在100bar下跑一段时间npt,后面再改为1bar吗

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