chemshell用amber力场二面角报错该怎么改，分子中存在共线的三键

sqpc · 发表于 Post on 2019-12-4 16:34:24

本帖最后由 sqpc 于 2019-12-4 16:38 编辑

unexpected torsion connectivity
param: connectivity pattern for atom sequence 65 66 67 68 :
0 0 0
1 0
1
does not match any recognised for a improper torsion
param: JUNCTION STATUS OF atom sequence 65 66 67 68 :
0 0 0 0
param: QC STATUS OF atom sequence 65 66 67 68 :
0 0 0 0
param.c: Error adding AMBER FF parameter cosine dihedral

这种错误貌似还挺常见的，谢谢大家！

找雷 · 发表于 Post on 2020-8-18 17:58:53

老师，能否分享下程序吗

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-8-18 18:35:36

试一下在你chemshell的输入脚本中，加入
add_connection coords = *.c i=65 j=66
chemshell之前的论坛上有问过这个问题
https://www.chemshell.org/node/25

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