高斯软件里没有乳酸这一溶剂怎么办呀

邓仰福 · 发表于 Post on 2020-12-9 10:23:15

各位老师，因反应体系里有乳酸溶剂，考虑到溶剂化效应，而高斯软件里没有乳酸这一溶剂（反应过程中乳酸起催化作用），需要自定义溶剂，此处以水为例进行结构优化、单点能计算等，图1所设定的关键词命令是否有误呀，一直报错（图2），应该如何正确书写语法呢，谢谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-9 10:33:46

本帖最后由 wzkchem5 于 2020-12-9 10:35 编辑

给一个和乳酸类似的溶剂，比如乙酸，然后把乙酸的溶剂参数尽量都改成乳酸的，比如你这里已经改了的eps和epsinf，如果能查到乳酸的非静电参数，也可以一并改掉，查不到的参数用乙酸的参数代替。这样固然有误差，但是我觉得用乙酸的一部分参数代替乳酸的参数的误差应该比溶剂模型本身的误差还要小。

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-9 10:34:19

可以使用自定义溶剂，不是随便写的。仔细看sob老师博文《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327

邓仰福 · 发表于 Post on 2020-12-9 11:06:12

zjxitcc 发表于 2020-12-9 10:34
可以使用自定义溶剂，不是随便写的。仔细看sob老师博文《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 ...

您好，我就是看了这篇博文才试着运算的，但是一直报错，显示语法错误

邓仰福 · 发表于 Post on 2020-12-9 11:09:51

wzkchem5 发表于 2020-12-9 10:33
给一个和乳酸类似的溶剂，比如乙酸，然后把乙酸的溶剂参数尽量都改成乳酸的，比如你这里已经改了的eps和eps ...

您好，乳酸的非静电参数指的是哪个地方呀，不知如何修改。如果用其他溶剂替代乳酸，不知发表论文时是否可行

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-9 11:34:34

邓仰福发表于 2020-12-9 11:06
您好，我就是看了这篇博文才试着运算的，但是一直报错，显示语法错误

博文写的是solvent=generic，你仍然写lactic acid，高斯内部没有lactic acid这种溶剂，当然报错

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-9 11:35:56

邓仰福发表于 2020-12-9 11:09
您好，乳酸的非静电参数指的是哪个地方呀，不知如何修改。如果用其他溶剂替代乳酸，不知发表论文时是否 ...

就是博文里提到的SMD的那些参数。如果担心发表论文被刁难，就找几个和你的溶质分子类似，但是在乳酸里的溶解自由能有实验值的分子，看计算和实验结果是否相符，相当于做一个小的benchmark。

邓仰福 · 发表于 Post on 2020-12-9 15:53:47

wzkchem5 发表于 2020-12-9 11:35
就是博文里提到的SMD的那些参数。如果担心发表论文被刁难，就找几个和你的溶质分子类似，但是在乳酸里的 ...

谢谢您！那我按照图片里的关键词进行结构优化、单点能计算等运算是可以的吧（反应过程中乳酸起催化作用）另外图片里只考虑了极性部分贡献，不需要同时考虑极性和非极性部分贡献扒

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-9 17:40:51

邓仰福发表于 2020-12-9 15:53
谢谢您！那我按照图片里的关键词进行结构优化、单点能计算等运算是可以的吧（反应过程中乳酸起催化作用） ...

需要考虑非极性，sob老师的博文里也提到了，你借一个类似的溶剂的非极性参数（比如乙酸）要比不给非极性参数好得多

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