求推荐一个有机小分子在液相（水）的pka集

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-3 06:19:00

我有一批小分子，想找出他们在标准环境下不同的质子化状态。想法是用GFN2-xtb配合gbsa隐式水来做个大致的计算，然后屏蔽掉那些能量过于夸张的。
所以问题的关键是计算小分子得到一个质子的能量减去水得到一个质子的能量
现在面临的问题就是用GFN2-xtb的方法gbsa模型下 pka=7的小分子失去一个质子是多少能量

我知道不能直接算这个能量也知道这是一个很蛋疼的问题

所以就想有没有什么小分子在水里的pka集，然后拟合水得到一个质子的能量，但找了半天都是真空里的集，很少有液相的集，想求助一下各位大佬。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-3 07:33:57

本帖最后由喵星大佬于 2020-9-3 07:37 编辑

iBond，各种溶剂里，各种方法测的，文献报道过的都有。除了pKa里面还能查到各种键解离能。

njfuzjs · 发表于 Post on 2020-9-3 13:57:17

罗三中最近有篇angew，用机器学习跑了一把
http://pka.luoszgroup.com

Accelerator · 发表于 Post on 2020-9-3 14:38:23

njfuzjs 发表于 2020-9-3 13:57
罗三中最近有篇angew，用机器学习跑了一把
http://pka.luoszgroup.com

罗三中都开始做机器学习了
这个页面特效太多，直接把我电脑弄死机了

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-3 15:50:09

喵星大佬发表于 2020-9-3 07:33
iBond，各种溶剂里，各种方法测的，文献报道过的都有。除了pKa里面还能查到各种键解离能。

谢谢

Frank · 发表于 Post on 2020-9-3 16:44:58

Truhlar之前做过了，用他们推荐的-265.9 kcal/mol就可以

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-3 19:18:29

Frank 发表于 2020-9-3 16:44
Truhlar之前做过了，用他们推荐的-265.9 kcal/mol就可以

我也知道那个值，我发现在GFN2-xtb/gbsa water里是大概123kcal/mol。

Frank · 发表于 Post on 2020-9-3 20:06:03

wuzhiyi 发表于 2020-9-3 19:18
我也知道那个值，我发现在GFN2-xtb/gbsa water里是大概123kcal/mol。

半经验(即使DFT)算这个确实很难算准吧...我看过的pKa paper一般都是直接用-265.9 kcal/mol，就把它当作实验值就可以，可以看看J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16066-16081

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-4 00:08:45

Frank 发表于 2020-9-3 20:06
半经验(即使DFT)算这个确实很难算准吧...我看过的pKa paper一般都是直接用-265.9 kcal/mol，就把它当作实 ...

毕竟从定义上来看就是生成焓嘛

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[综合交流] 求推荐一个有机小分子在液相（水）的pka集

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