求助怎么把VMD的TIP3P模型改成SPC/E模型？

科研haohao · 发表于 Post on 2020-8-14 16:30:24

VMD中默认的水模型是TIP3P,我想建立spc/e的话，要更改电荷及键长键角等信息。更改电荷可使用set 0 [atomselect "type OT"]对选中的氧原子 set charge 更改电荷，那更改键长和键角应该怎么选定健的类型和角的类型呢，选定后该用什么命令更改？谢谢了

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-15 09:31:12

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“VMD建立SPC/E模型”改了，以后务必注意

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-12 12:23:48

如果是gromacs，你可以直接在top里include spce力场，然后运行一段时间动力学即可

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