求助gromacs模拟出的密度值与从文献中得到的密度值相差过大

shadowyuan · 发表于 Post on 2020-10-17 14:12:40

在模拟有机溶液的表面张力，想要让模拟出的密度与文献的实验值相一致，但是模拟出来的密度总是比实验值小很多，试过在盒子里多加分子来提高密度，但是即使加满了也差很多，请教各位老师遇到这种情况应该怎么来模拟？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-17 14:15:58

加分子没有意义。恰当设置控压才是关键

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-10-18 14:31:00

NPT模拟长时间试试看，

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-10-18 16:04:33

小白我之前遇到过相同的问题,当时的原因就是sob老师所说的控压的问题.建议楼主仔细检查一下控压设置.

shadowyuan · 发表于 Post on 2020-10-19 08:36:51

sobereva 发表于 2020-10-17 14:15
加分子没有意义。恰当设置控压才是关键

谢谢sob老师

shadowyuan · 发表于 Post on 2020-10-19 16:24:03

本帖最后由 shadowyuan 于 2020-10-19 17:43 编辑

sobereva 发表于 2020-10-17 14:15
加分子没有意义。恰当设置控压才是关键

老师是这样的，为了模拟表面张力，增加了真空区，因此删掉了压力耦合项。这种NVT的情况下如果想要控制密度请问应该怎么办呢？没有表面只做NVP的时候控压我是理解的，就想问问有真空区的时候想控制密度该怎么操作。主要加了真空区之后，液体因为形成了表面相，导致液体的本体相密度比加真空区之前没有表面本体之分的时候稍微降低了一点。我们就是想问问您有没有什么办法可以控制真空体系的本体相密度？

谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-21 12:17:10

shadowyuan 发表于 2020-10-19 16:24
老师是这样的，为了模拟表面张力，增加了真空区，因此删掉了压力耦合项。这种NVT的情况下如果想要控制密 ...

有真空区的NVT模拟的液相的密度没法人为设置，这只取决于模拟设定（非键相互作用的计算）、力场参数、温度这些因素。当然，也和你对密度的统计方式有关，即统计哪个坐标区间的

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