利用Gaussian计算静电势时间过长是什么原因？

胡枝子

没有相关化学背景，最近做分子动力学需用到RESP拟合静电势电荷，刚接触Gaussian
小分子是乙酰辅酶A，跑了45步，计算过程中查看了看能量和受力变化曲线，是呈现整体降低的逐渐平坦的趋势，这样的过程是正常的吗？希望前辈指出错误，不胜感激！


以下是输入文件：
%lindaworkers=4
%mem=1GB
%chk=D:\chq\test3\ligand.chk
#p opt=tight hf/6-31g(d) nosymm scf=xqc pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)

lig

-4 1
C(PDBName=CAP,ResName=ACO,ResNum=231_A)              20.23941518   52.36684215   16.15958141
C(PDBName=C,ResName=ACO,ResNum=231_A)                26.40313834   45.60194600   16.91839851
O(PDBName=O,ResName=ACO,ResNum=231_A)                26.48679024   45.70424803   15.66696028
O(PDBName=OAP,ResName=ACO,ResNum=231_A)              19.92773869   52.25498990   17.55066737
C(PDBName=CBP,ResName=ACO,ResNum=231_A)              20.21526995   50.96766913   15.51662456
C(PDBName=CDP,ResName=ACO,ResNum=231_A)              20.55853015   51.08257987   14.01984705
C(PDBName=CEP,ResName=ACO,ResNum=231_A)              21.25124266   50.06498340   16.21203001
C(PDBName=CH3,ResName=ACO,ResNum=231_A)              25.79679324   44.33418327   17.54815278
P(PDBName=P1A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.05970398   49.86298402   16.08751032
P(PDBName=P2A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              16.39387972   51.29011920   15.55656680
P(PDBName=P3B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.86543333   47.78662636   19.10451878
S(PDBName=S1P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              26.98584503   46.92277379   17.95984024
C(PDBName=C2P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              26.80938142   48.47325519   17.10335131
C(PDBName=C3P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              25.32501782   48.70783594   16.76580302
N(PDBName=N4P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              25.18092234   49.98588636   16.05394167
C(PDBName=C5P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.97107238   51.11642318   16.73792938
O(PDBName=O5P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.89109805   51.08878621   17.99347385
C(PDBName=C6P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.82855074   52.45166783   15.98424553
C(PDBName=C7P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              23.90514504   53.39739297   16.77492045
N(PDBName=N8P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              22.57866762   52.78133292   16.92455481
C(PDBName=C9P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              21.63919370   52.98753574   15.99498734
O(PDBName=O9P,ResName=ACO,ResNum=231_A)              21.89937914   53.69049551   14.98428821
C(PDBName=C1B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.89953347   51.46982806   21.24850590
N(PDBName=N1A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.44067056   55.98715586   18.67962480
O(PDBName=O1A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.28572108   50.80270208   15.20296115
C(PDBName=C2A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.55567598   55.22613972   18.96537949
C(PDBName=C2B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.25217105   50.07192114   21.28685127
O(PDBName=O2A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.41409423   48.50398765   16.06205397
O(PDBName=O2B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.98092907   49.22210320   22.17668237
C(PDBName=C3B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.52847199   49.59536266   19.91009663
N(PDBName=N3A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.51232499   54.04495495   19.65983993
O(PDBName=O3A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              15.66799342   49.74243837   15.51902476
O(PDBName=O3B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.23955507   48.21105471   19.69864716
C(PDBName=C4A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              12.33704990   53.59704261   20.08806745
C(PDBName=C4B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.02256174   49.95024597   19.92546268
O(PDBName=O4A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              15.60513890   52.23359915   14.68936080
O(PDBName=O4B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.98497938   51.35834735   20.25696867
C(PDBName=C5A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              11.10265823   54.33703159   19.83195682
C(PDBName=C5B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.72501135   49.67950796   18.58184381
O(PDBName=O5A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              16.40834027   51.80170663   16.97160057
O(PDBName=O5B,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.06401404   50.40882143   17.54477025
C(PDBName=C6A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              11.19566446   55.63108872   19.06358639
N(PDBName=N6A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.12000878   56.37478021   18.78166878
O(PDBName=O6A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              17.85330726   51.19694561   15.02388345
N(PDBName=N7A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.07718505   53.67161028   20.36618258
O(PDBName=O7A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.69207536   48.41026033   17.74604792
C(PDBName=C8A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.63872991   52.55581651   20.93675395
O(PDBName=O8A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.81434070   46.28797691   18.97868904
N(PDBName=N9A,ResName=ACO,ResNum=231_A)              11.99079918   52.51971321   20.76555190
O(PDBName=O9A,ResName=ACO,ResNum=231_A)               9.76066987   48.25146383   20.01442620
C(PDBName=CCP,ResName=ACO,ResNum=231_A)              18.80999963   50.35751406   15.67617138
H(PDBName=H1,ResName=ACO,ResNum=231_A)               19.51524264   52.99222630   15.68047251
H(PDBName=H2,ResName=ACO,ResNum=231_A)               20.57753077   51.69372196   17.98015553
H(PDBName=H3,ResName=ACO,ResNum=231_A)               20.54057509   50.11003066   13.57403230
H(PDBName=H4,ResName=ACO,ResNum=231_A)               21.53431027   51.50755321   13.90950386
H(PDBName=H5,ResName=ACO,ResNum=231_A)               19.83940300   51.71000871   13.53614247
H(PDBName=H6,ResName=ACO,ResNum=231_A)               21.23355121   49.09254290   15.76592194
H(PDBName=H7,ResName=ACO,ResNum=231_A)               21.01335106   49.98464541   17.25212634
H(PDBName=H8,ResName=ACO,ResNum=231_A)               22.22675621   50.49051396   16.10113575
H(PDBName=H9,ResName=ACO,ResNum=231_A)               25.33087315   44.58569446   18.47795501
H(PDBName=H10,ResName=ACO,ResNum=231_A)              26.57115920   43.61595866   17.71993048
H(PDBName=H11,ResName=ACO,ResNum=231_A)              25.06705049   43.92001072   16.88408343
H(PDBName=H12,ResName=ACO,ResNum=231_A)              27.16316384   49.26778695   17.72664999
H(PDBName=H13,ResName=ACO,ResNum=231_A)              27.38109991   48.44766459   16.19926429
H(PDBName=H14,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.97047030   47.91202953   16.14459443
H(PDBName=H15,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.75362120   48.73611596   17.66997811
H(PDBName=H16,ResName=ACO,ResNum=231_A)              25.24016600   50.01057043   15.05594135
H(PDBName=H17,ResName=ACO,ResNum=231_A)              25.79232360   52.90380537   15.87646267
H(PDBName=H18,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.40858694   52.27102306   15.01678176
H(PDBName=H19,ResName=ACO,ResNum=231_A)              24.32441358   53.57948999   17.74235333
H(PDBName=H20,ResName=ACO,ResNum=231_A)              23.80973607   54.32331219   16.24706484
H(PDBName=H21,ResName=ACO,ResNum=231_A)              22.37884544   52.20932228   17.72009901
H(PDBName=H22,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.22157677   51.71766621   22.23836096
H(PDBName=H23,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.50759261   55.57768326   18.62588548
H(PDBName=H24,ResName=ACO,ResNum=231_A)              11.22788044   50.07938651   21.59615243
H(PDBName=H25,ResName=ACO,ResNum=231_A)              13.90608139   49.20907397   21.92083887
H(PDBName=H26,ResName=ACO,ResNum=231_A)              11.99250373   50.14791540   19.16693614
H(PDBName=H27,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.52735682   49.39173521   20.68576192
H(PDBName=H28,ResName=ACO,ResNum=231_A)              15.74636247   49.99257921   18.64389874
H(PDBName=H29,ResName=ACO,ResNum=231_A)              14.68564402   48.63297650   18.36247149
H(PDBName=H30,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.22206818   57.22771624   18.26969061
H(PDBName=H31,ResName=ACO,ResNum=231_A)               9.21391147   56.07783522   19.08290423
H(PDBName=H32,ResName=ACO,ResNum=231_A)              10.08091243   51.80367071   21.45439920
H(PDBName=H33,ResName=ACO,ResNum=231_A)              18.79025670   49.38336343   15.23403698
H(PDBName=H34,ResName=ACO,ResNum=231_A)              18.56973930   50.28169311   16.71615980


Lig_ini.gesp

Lig.gesp

wzkchem5

这个大小的体系，结构优化45步不收敛是正常的。如果200步还不收敛，那可能需要担心一下。

胡枝子

wzkchem5 发表于 2020-10-25 20:16
这个大小的体系，结构优化45步不收敛是正常的。如果200步还不收敛，那可能需要担心一下。

机子不太行，我这45步已经跑了2天了……我之后会进行分子模拟，是不是可以尝试放松收敛标准 opt=loose/gddis什么的。。

wzkchem5

胡枝子 发表于 2020-10-25 20:34
机子不太行，我这45步已经跑了2天了……我之后会进行分子模拟，是不是可以尝试放松收敛标准 opt=loose/gd ...

GDIIS总是可以加的，不会影响结果的可靠性，只会改变收敛速度，但并不总是让收敛速度变快。
opt=loose我猜问题不大，但你要确定你的构象已经定性正确了。
可以试试关掉scf=xqc，scf=xqc虽然几乎总是能让scf收敛，但常常很慢。另外一个可以尝试的就是停掉你现在的优化，从优化的最后一步结构开始重新跑优化，有时比你一次优化完更快。

sobereva

别赖到静电势计算上，静电势计算根本花不了什么时间，如果几何优化没收敛就用帮助收敛的关键词
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

你计算RESP电荷的方式我极力不推荐，又麻烦又差，该怎么合理计算，仔细认真看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

对于拟合RESP电荷的目的，loose收敛限已经够用，这也是为什么下文说的自动调用Gaussian和Multiwfn算RESP电荷的脚本里默认就用opt=loose关键词
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

胡枝子

sobereva 发表于 2020-10-26 05:29
别赖到静电势计算上，静电势计算根本花不了什么时间，如果几何优化没收敛就用帮助收敛的关键词
量子化学计 ...

谢谢sob老师！