求助：想要生成没有缺陷的A-A双层冰

NUAAjj · 发表于 Post on 2022-5-19 11:01:08

如图，这一块冰始终存在5-7或者八个原子的缺陷，做了温度调整、控温控压方式以及跑更长时间的模拟，都无法改善缺陷。
目标：想生成一整块都是六方的冰

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-5-19 11:03:29

如果只想获取结构的话，直接使用GenIce建一个就可以了

NUAAjj · 发表于 Post on 2022-5-19 12:00:59

Lacrimosa 发表于 2022-5-19 11:03
如果只想获取结构的话，直接使用GenIce建一个就可以了

刚刚做了下尝试，因为wall为疏水壁面，用该结构跑NPT体系会立刻被打散，出些很多缺陷。仍旧不是周期性结构

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-19 13:40:44

本帖最后由牧生于 2022-5-19 13:47 编辑

可以把水和冰晶加入一个盒子，低温MD让其全部结冰后，再用vmd去选取层状保存出来。

另外，吐槽一下genice，用miniconda安装genice倒还算容易，但用起来也不是那么容易，尤其是那个analice插件分析笼子，我更是从来没成功过。

NUAAjj · 发表于 Post on 2022-5-19 15:41:00

牧生发表于 2022-5-19 13:40
可以把水和冰晶加入一个盒子，低温MD让其全部结冰后，再用vmd去选取层状保存出来。

另外，吐槽一下genic ...

上图就是截取一整块均六方的，但是重新跑NPT后又会出现缺陷

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