使用NAMD eneergy插件报错

violet · 发表于 Post on 2021-5-28 15:18:41

我想算蛋白-RNA之间的非键相互作用，找到VMD的这个插件可以使用，于是首先我导入的一个蛋白和RNA的复合物轨迹，然后Extensions_----Analysis ---NAMD energy ,然后按照要求选择的蛋白质和核酸，参数文件和XSC文件也分别选择的轨迹的.inp文件和.xsc文件，然后点击Run NAMD energy时，就报错如下，请问有人遇到过这种问题吗？。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-28 15:27:13

你要在本地安装NAMD，然后指定路径才能用
你也可以直接用NAMD的pair interaction功能

violet · 发表于 Post on 2021-5-28 15:57:25

本帖最后由 violet 于 2021-5-28 15:59 编辑

fhh2626 发表于 2021-5-28 15:27
你要在本地安装NAMD，然后指定路径才能用
你也可以直接用NAMD的pair interaction功能

首先非常感谢您的回复
我是使用的Linux系统的服务器，我安装了NAMD，我将其路径选择后仍旧报错，
C:\Users\HP\Desktop\捕获.PNG
C:\Users\HP\Desktop\捕获5.PNG
然后pair interaction功能是什么，我不太懂

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-28 20:39:57

violet 发表于 2021-5-28 15:57
首先非常感谢您的回复
我是使用的Linux系统的服务器，我安装了NAMD，我将其路径选择后仍旧报错，

看提示好像是力场文件设置得不对

pair interaction见https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.14/ug/node92.html
和https://ringo.ams.stonybrook.edu ... ergy_decompositions

violet · 发表于 Post on 2021-5-29 12:22:27

fhh2626 发表于 2021-5-28 20:39
看提示好像是力场文件设置得不对

pair interaction见https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.14/ug/ ...

好的，非常感谢您，我再弄一弄

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