量化算吸附能审稿意见求助

程龙 · 发表于 Post on 2020-11-17 22:31:45

各位老师好，我在用量化算吸附能后，投稿后，审稿人问The simulation showed that the Eads for Fe@PGHC (-OH)/MB, Fe@PGHC (-COOH)/MB, Fe@PGHC (-COOH and -OH)/MB complexed were -318.4687 kcal/mol, -320.2788 kcal/mol and -322.2833 kcal/mol, respectively. Such large adsorption energies should be caused by bonding or bond breaking, not just <pi>-<pi>, electrostatic and hydrogen bond interactions. More explorations about the reason for such large adsorption energies are needed.请问各位老师，我这个该从哪个角度考虑，有无相关文献参考，谢谢各位老师。

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-11-17 22:41:42

有没有弱相互作用，做个IGM或者RDG填色等值面，一看便知：

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法
http://sobereva.com/399（http://bbs.keinsci.com/thread-7599-1-1.html）

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

程龙 · 发表于 Post on 2020-11-17 23:19:44

冰释之川发表于 2020-11-17 22:41
有没有弱相互作用，做个IGM或者RDG填色等值面，一看便知：

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
...

冰冰老师，他这意思不是我吸附能太大了，应该有成键或断键的情况吗

程龙 · 发表于 Post on 2020-11-17 23:21:09

冰释之川发表于 2020-11-17 22:41
有没有弱相互作用，做个IGM或者RDG填色等值面，一看便知：

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
...

它的意思是应该不止有这些弱相互作用导致的，我这从啥角度回她，谢谢老师

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-11-17 23:25:25

程龙发表于 2020-11-17 23:21
它的意思是应该不止有这些弱相互作用导致的，我这从啥角度回她，谢谢老师

有没有化学键，做个ELF等值面或者算算Mayer键级就知道了：

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

做出来如果没有，正好可以驳回审稿人的臆断

程龙 · 发表于 Post on 2020-11-17 23:31:54

冰释之川发表于 2020-11-17 23:25
有没有化学键，做个ELF等值面或者算算Mayer键级就知道了：

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

好的，谢谢冰冰姐

chemhou · 发表于 Post on 2020-11-18 04:29:36

这能写到小说点后第四位也暴露了对量化计算认识的水平....

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-18 21:30:30

楼主是用改性矿物吸附染料么？？？能说说用什么软件，方法算出来的么？？？有没有加隐性溶剂？？？因为我算得吸附能也偏大。。。

程龙 · 发表于 Post on 2020-11-19 09:12:21

renzhogn424 发表于 2020-11-18 21:30
楼主是用改性矿物吸附染料么？？？能说说用什么软件，方法算出来的么？？？有没有加隐性溶剂？？？因为我算 ...

我用Gaussian算的，隐性溶剂对它影响不大的

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-19 14:32:45

程龙发表于 2020-11-19 09:12
我用Gaussian算的，隐性溶剂对它影响不大的

这样啊，我用orca算的，溶液影响还挺大，不知道为啥

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-19 16:59:00

renzhogn424 发表于 2020-11-19 14:32
这样啊，我用orca算的，溶液影响还挺大，不知道为啥

你偏大多少？溶剂是什么？

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-19 21:07:23

wzkchem5 发表于 2020-11-19 16:59
你偏大多少？溶剂是什么？

唉，我都不好意思说，就算弱相互作用，不用溶剂，算出来 -0.28 hartree左右，感觉偏大了；
用了溶剂模型，变成-0.008 hartree，震惊了。

用的溶剂命令是
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-20 10:44:49

renzhogn424 发表于 2020-11-19 21:07
唉，我都不好意思说，就算弱相互作用，不用溶剂，算出来 -0.28 hartree左右，感觉偏大了；
用了溶剂模型 ...

是不是因为矿物表面和染料都带很多电？
如果是的话，这个计算结果不奇怪，比如你想一下，NaCl在气相里的静电吸引能也可以到零点几个Hartree，但是在溶液里的静电吸引能弱到NaCl可以自发解离成离子。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-20 22:03:28

wzkchem5 发表于 2020-11-20 10:44
是不是因为矿物表面和染料都带很多电？
如果是的话，这个计算结果不奇怪，比如你想一下，NaCl在气相里的 ...

也可能，我一个是阳离子和一个阴离子的作用。。。我再研究下，多谢啦

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