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[综合交流] 量化算吸附能审稿意见求助

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发表于 2020-11-17 22:31:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,我在用量化算吸附能后,投稿后,审稿人问The simulation showed that the Eads for Fe@PGHC (-OH)/MB, Fe@PGHC (-COOH)/MB, Fe@PGHC (-COOH and -OH)/MB complexed were -318.4687 kcal/mol, -320.2788 kcal/mol and -322.2833 kcal/mol, respectively. Such large adsorption energies should be caused by bonding or bond breaking, not just <pi>-<pi>, electrostatic and hydrogen bond interactions. More explorations about the reason for such large adsorption energies are needed.请问各位老师,我这个该从哪个角度考虑,有无相关文献参考,谢谢各位老师。

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发表于 2020-11-17 22:41:42 | 显示全部楼层
有没有弱相互作用,做个IGM或者RDG填色等值面,一看便知:

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html

使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法
http://sobereva.com/399http://bbs.keinsci.com/thread-7599-1-1.html

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252


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 楼主| 发表于 2020-11-17 23:19:44 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-11-17 22:41
有没有弱相互作用,做个IGM或者RDG填色等值面,一看便知:

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
...

冰冰老师,他这意思不是我吸附能太大了,应该有成键或断键的情况吗

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 楼主| 发表于 2020-11-17 23:21:09 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-11-17 22:41
有没有弱相互作用,做个IGM或者RDG填色等值面,一看便知:

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
...

它的意思是应该不止有这些弱相互作用导致的,我这从啥角度回她,谢谢老师

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发表于 2020-11-17 23:25:25 | 显示全部楼层
程龙 发表于 2020-11-17 23:21
它的意思是应该不止有这些弱相互作用导致的,我这从啥角度回她,谢谢老师

有没有化学键,做个ELF等值面或者算算Mayer键级就知道了:

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html

做出来如果没有,正好可以驳回审稿人的臆断
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 楼主| 发表于 2020-11-17 23:31:54 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-11-17 23:25
有没有化学键,做个ELF等值面或者算算Mayer键级就知道了:

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

好的,谢谢冰冰姐

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发表于 2020-11-18 04:29:36 | 显示全部楼层
这能写到小说点后第四位也暴露了对量化计算认识的水平....

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发表于 2020-11-18 21:30:30 | 显示全部楼层
楼主是用改性矿物吸附染料么???能说说用什么软件,方法算出来的么???有没有加隐性溶剂???因为我算得吸附能也偏大。。。

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 楼主| 发表于 2020-11-19 09:12:21 | 显示全部楼层
renzhogn424 发表于 2020-11-18 21:30
楼主是用改性矿物吸附染料么???能说说用什么软件,方法算出来的么???有没有加隐性溶剂???因为我算 ...

我用Gaussian算的,隐性溶剂对它影响不大的

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发表于 2020-11-19 14:32:45 | 显示全部楼层
程龙 发表于 2020-11-19 09:12
我用Gaussian算的,隐性溶剂对它影响不大的

这样啊,我用orca算的,溶液影响还挺大,不知道为啥

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发表于 2020-11-19 16:59:00 | 显示全部楼层
renzhogn424 发表于 2020-11-19 14:32
这样啊,我用orca算的,溶液影响还挺大,不知道为啥

你偏大多少?溶剂是什么?

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发表于 2020-11-19 21:07:23 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-19 16:59
你偏大多少?溶剂是什么?

唉,我都不好意思说,就算弱相互作用,不用溶剂,算出来 -0.28 hartree左右,感觉偏大了;
用了溶剂模型,变成-0.008 hartree,震惊了。
用的溶剂命令是
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end

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发表于 2020-11-20 10:44:49 | 显示全部楼层
renzhogn424 发表于 2020-11-19 21:07
唉,我都不好意思说,就算弱相互作用,不用溶剂,算出来 -0.28 hartree左右,感觉偏大了;
用了溶剂模型 ...

是不是因为矿物表面和染料都带很多电?
如果是的话,这个计算结果不奇怪,比如你想一下,NaCl在气相里的静电吸引能也可以到零点几个Hartree,但是在溶液里的静电吸引能弱到NaCl可以自发解离成离子。

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发表于 2020-11-20 22:03:28 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-20 10:44
是不是因为矿物表面和染料都带很多电?
如果是的话,这个计算结果不奇怪,比如你想一下,NaCl在气相里的 ...

也可能,我一个是阳离子和一个阴离子的作用。。。我再研究下,多谢啦
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