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[Gaussian/gview] Z/E顺反异构的过渡态及IRC分析求助

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本帖最后由 ZZU_SCU 于 2020-9-12 23:38 编辑

计算Z/E顺反异构的过渡态

使用方法:#opt=(calcall,ts,noeigentest,gdiis,notrustupdate,maxstep=5,tight) freq6-311g(d,p) scrf=(solvent=thf) int=superfine nosymm scf=(maxcycle=80,xqc)um062x geom=check guess=read 收敛得到过渡态。读取的结构是在int=ultrafine和默认收敛标准得到的结构。虚频振动形式是我要的,虚频有些小-67。计算IRC #irc=(calcfc,LQA,maxpoint=20) 6-311g(d,p) scrf=(solvent=thf) nosymm int=superfineum062x,默认的maxsize=10计算三个点就报错了。提高maxsize=20maxpoint=20得到的IRC的两端不像是反应物和产物,如下图。IRC左边第一个点能量升高。过渡态优化和IRC 在云盘中
请问这种情况的IRC需要添加什么关键词呢?或者过渡态还需要怎么优化么?
链接:https://pan.baidu.com/s/1M3h8hhiyDqCeTLDf1GJYR
提取码:3hw4


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发表于 Post on 2020-9-10 03:30:17 | 只看该作者 Only view this author
发帖时候别用那么大字号,看着很难受。重新编辑帖子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-9-10 10:46:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 biogon 于 2020-9-10 10:51 编辑

IRC往一个方向再多跑看看,但是感觉这个异构化在基态并不能发生

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-10 20:02:22 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-9-10 10:46
IRC往一个方向再多跑看看,但是感觉这个异构化在基态并不能发生

您的意思是能垒太高了么?我得到相似结构的能垒在220kj/mol。异构化不能发生是无能垒还是没有过渡态?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-10 20:05:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-10 03:30
发帖时候别用那么大字号,看着很难受。重新编辑帖子

已编辑,字号调节为3。卢老师关于这个体系的结果有什么建议呢?祝您教师节快乐@sobereva

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发表于 Post on 2020-9-10 21:59:22 | 只看该作者 Only view this author
双键异构反应在过渡态附近有显著的多参考态性质,DFT描述不准,甚至定性错误(比如对于本来平滑的势能面,预测存在一个cusp)。建议用flip-down TDDFT,以三重态作为reference,把单重态当作激发态来算,可以同时得到准确的S0和S1态。也可用CASPT2或者NEVPT2,CAS活性空间取(2,2)即可,但缺点是PT2描述动态相关不如一般的杂化泛函好。

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wang7344412 + 1 不明觉厉
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Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-9-10 22:02:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-10 21:59
双键异构反应在过渡态附近有显著的多参考态性质,DFT描述不准,甚至定性错误(比如对于本来平滑的势能面, ...

是spin-flip

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发表于 Post on 2020-9-11 11:34:06 | 只看该作者 Only view this author

对,spin-flip包括flip-up和flip-down,这里特指flip-down(当然spin-flip一般默认就是指flip-down)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-9-11 16:18:42 | 只看该作者 Only view this author
ZZU_SCU 发表于 2020-9-10 20:02
您的意思是能垒太高了么?我得到相似结构的能垒在220kj/mol。异构化不能发生是无能垒还是没有过渡态?

这个异构应该在激发态下容易发生,感觉这个结构和S1-S2的CI结构很像,就像上面说的多参考特征很强,需要用NEVPT2 CASPT2这些找那个过渡态

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发表于 Post on 2020-9-12 05:13:33 | 只看该作者 Only view this author
就算不用多参考、spin flip TDDFT,最起码也应当用对称破缺KS-DFT方式来计算,好歹势能面是平滑的。这种双键旋转到90度左右实际上呈现双自由基特征。怎么做看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

用免费的GAMESS-US做Spin flip TDDFT也不难。可以试试。一个缺点是得到的势垒受泛函影响较大。






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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-12 09:15:08 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-9-11 16:18
这个异构应该在激发态下容易发生,感觉这个结构和S1-S2的CI结构很像,就像上面说的多参考特征很强,需要 ...

谢谢

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发表于 Post on 2020-11-4 17:15:07 | 只看该作者 Only view this author
您好,我最近算双键的顺反异构,看群主在贴子里面的提问,请问最后你是怎么解决的,能否传授一下经验,非常感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-19 20:43:33 | 只看该作者 Only view this author
chunhui201 发表于 2020-11-4 17:15
您好,我最近算双键的顺反异构,看群主在贴子里面的提问,请问最后你是怎么解决的,能否传授一下经验,非常 ...

我用了对称破缺 http://sobereva.com/82 ,在激发态势能面找到了过渡结构

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发表于 Post on 2020-12-4 15:38:10 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢

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