请教：构建周期性体系的簇模型-边界固定问题

djjj148

sob老师在"使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题"(http://sobereva.com/540)中提到过，构建周期性体系的簇模型，应当把边界原子固定，让"它们感受到真实体相环境的束缚"，如下图。


这个模型的固定方式还是比较好理解的，被固定的原子在体相中还和其他被删掉的原子成键，所以构建簇模型后，它们应当被固定(这应该就是sob老师的意思)。
但是对于一些"在素晶胞中没有位于晶格边界，但是构建簇模型后处于最边缘的原子"是否应该被固定，我就不太确定了。故在此请问各位老师同学，比如下图左的g-C3N4
图左为g-C3N4的单层结构的超胞，在文献中构建簇模型一般都是把它按照红线标记的区域挖出来，然后给位于晶格边界的N原子加氢饱和(即上图右)。把加氢的N原子固定应该是合理的(如下图左)，但是"构建簇模型后处于最边缘的原子"是否应该也被固定呢(下图右)？按理说这些"在素晶胞中没有位于晶格边界，但是构建簇模型后处于最边缘的原子"在构建簇模型前后，成键状态没有发生变化，应该不用固定吧？就直接按下图左的方式固定是不是就可以呢？反之，按下图右这样固定是不是就不符合实际了呢？请大家多多指教，谢谢！

wzkchem5

按左边固定就行了

喵星大佬

当然是不固定了。。。。。


固定是为了让这个团簇和周围周期性结构之间的连接不跑偏

xiapin

请问最边缘的N你固定了吗？我也想截取这么一块团簇利用高斯做分析。

djjj148

xiapin 发表于 2020-12-29 10:22
请问最边缘的N你固定了吗？我也想截取这么一块团簇利用高斯做分析。

是的，固定了