求助gaussian用qst2寻找乙烯醇→乙醛的过渡态时遇到的问题

fdy哈哈哈 · 发表于 Post on 2021-1-13 00:18:26

利用opt=qst2寻找乙烯醇→乙醛的过渡态。请问再优化玩反应物和产物后，该如何把这两个物质做成一个gjf呢？就是下面这张图是怎么来的，里面反应物和产物的坐标信息是在之前单独优化好的out文件里面找么？是不是需要再在gaussview里面画出过渡态的大概模型，然后再输入反应物和产物的坐标进行优化嘞？求各位老师指教。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-13 07:54:24

你既然用QST2干嘛还画过渡态的模型
相关基本知识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

操作看我培训班的幻灯片

你自己把反应物和产物的坐标手动合并成QST2输入文件的格式也可以。

PS：我很反感某些低水平教程里举例时拿HF当理论方法，这会导致初学者上当。

fdy哈哈哈 · 发表于 Post on 2021-1-13 09:43:35

sobereva 发表于 2021-1-13 07:54
你既然用QST2干嘛还画过渡态的模型
相关基本知识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3

谢谢sob老师的答复，还有一个问题想请教一下老师，在第二帧中将结构调整为产物时，需要删减多余的原子吗？比如说乙烯醇调整为乙醛，连上双键后需要把多余的氢原子删掉吗？

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-1-13 10:14:12

fdy哈哈哈发表于 2021-1-13 09:43
谢谢sob老师的答复，还有一个问题想请教一下老师，在第二帧中将结构调整为产物时，需要删减多余的原子吗 ...

为什么会有多余的氢原子？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-1-13 13:16:56

fdy哈哈哈发表于 2021-1-13 09:43
谢谢sob老师的答复，还有一个问题想请教一下老师，在第二帧中将结构调整为产物时，需要删减多余的原子吗 ...

必须让氢原子的数目和位置和你预期的数目和位置完全一致。
实际上连双键都不是必需的，但是删掉那个氢原子是必需的。换句话说，你画乙醛分子，把C=O画成单键，丝毫不影响计算，但是如果O上的H没有删掉，那么即使你的C=O确实画成了双键，也和画成单键一样是错的。
参见http://sobereva.com/414，仔细阅读、完全理解后再来回帖

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