使用GROMACS进行模拟时可以限制CPU的占用率吗？

Aswau · 发表于 Post on 2023-5-2 15:59:58

计算资源是和别人共用的，要求我这边限制一下CPU占用，但是看了GROMACS官网mdrun里的参数，没发现有相关设置……所以请教下有没有能限制MD时CPU占用率上限的方法啊？

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-2 16:14:13

本帖最后由牧生于 2023-5-2 16:15 编辑

既然是共用，比如共20核，那就你分10核，别人分10核，并各自绑定，就可以了啊。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-2 16:20:49

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-2 18:07 编辑

先确定自己看全了，手册里关于mdrun并行参数的设置介绍得非常详细

Aswau · 发表于 Post on 2023-5-2 18:31:35

牧生发表于 2023-5-2 16:14
既然是共用，比如共20核，那就你分10核，别人分10核，并各自绑定，就可以了啊。

请问下这个具体该怎么在指令里设置只用那么多核数啊

Aswau · 发表于 Post on 2023-5-2 18:36:21

Entropy.S.I 发表于 2023-5-2 16:20
先确定自己看全了，手册里关于mdrun并行参数的设置介绍得非常详细

是挨个看了，可能因为自己不明白，看到了也不知道能不能以及怎么操作才能实现自己的需求

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-2 19:01:23

本帖最后由萌新杨同学于 2023-5-2 19:03 编辑

sob老师的ppt里有写
gmx mdrun -nt ** -pin on，**应该是你想要分配的线程数？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-2 19:04:40

Aswau 发表于 2023-5-2 18:36
是挨个看了，可能因为自己不明白，看到了也不知道能不能以及怎么操作才能实现自己的需求

看了手册还不知道，没救了

Aswau · 发表于 Post on 2023-5-2 20:09:20

萌新杨同学发表于 2023-5-2 19:01
sob老师的ppt里有写
gmx mdrun -nt ** -pin on，**应该是你想要分配的线程数？

谢谢！有用的！（虽然但是没接触过sob老师的ppt）

Aswau · 发表于 Post on 2023-5-2 20:09:49

Entropy.S.I 发表于 2023-5-2 19:04
看了手册还不知道，没救了

确实，我也觉得T T

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-2 20:26:27

Aswau 发表于 2023-5-2 20:09
谢谢！有用的！（虽然但是没接触过sob老师的ppt）

强烈推荐报名sob老师的分子动力学培训作为入门

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