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[NWChem] 关于NWChem freq计算耗时问题

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如题,在做一个123原子只含C H N的有机体系,由于用到了CDFT,所以用NWChem做了freq,但是耗时良久,16核已经跑了快4天了还没结束。以往也在Gaussian算过类似大小体系的freq,依稀记得耗时虽然也很久,但好像不至于这么久,是因为NWChem在这方面做的不如Gaussian吗?

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发表于 Post on 2021-2-19 14:03:22 | 只看该作者 Only view this author
请教一下为啥会用到CDFT做freq计算呢。。。感觉这方法只有算单点的用途
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-19 14:08:11 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-2-19 14:03
请教一下为啥会用到CDFT做freq计算呢。。。感觉这方法只有算单点的用途

那个体系是AB两分子形成的复合物,实验已经证实可以通过电荷分离态发光,但是同级别的CDFT算出来电荷分离态的单点能比中性体系单点能低一点,所以考虑是不是要做freq考虑热力学量

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发表于 Post on 2021-2-19 14:16:55 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2021-2-19 14:08
那个体系是AB两分子形成的复合物,实验已经证实可以通过电荷分离态发光,但是同级别的CDFT算出来电荷分离 ...

你这里所谓“中性体系”是指正常的DFT计算是吧?这电子能量一般比CDFT的电子能量要低的,你咋算出来高呢?有没检验波函数稳定性?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-19 14:26:02 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-2-19 14:16
你这里所谓“中性体系”是指正常的DFT计算是吧?这电子能量一般比CDFT的电子能量要低的,你咋算出来高呢 ...

是的。感觉一般有机体系很少出现不稳定波函数,我来检验一下。

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发表于 Post on 2021-2-19 14:56:23 | 只看该作者 Only view this author
CDFT大抵没有解析Hessian
仔细看输出信息,如果是有限差分算的Hessian,这么久一点也不意外
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-2-19 16:06:45 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2021-2-19 14:08
那个体系是AB两分子形成的复合物,实验已经证实可以通过电荷分离态发光,但是同级别的CDFT算出来电荷分离 ...

电荷分离后的能量反倒比电荷分离前要低?
实验如果能观察到荧光的话,电荷分离态至少要比中性态高1eV吧,不然发射的光都超过1000nm了。那就相当于你的实验和计算有1eV的差别,这个肯定不是热力学校正能补回来的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-2-19 17:57:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-19 16:06
电荷分离后的能量反倒比电荷分离前要低?
实验如果能观察到荧光的话,电荷分离态至少要比中性态高1eV吧 ...

我觉得显然是因为普通dft没收敛到基态,当然前提是操作正常的话(基组方法一致)

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发表于 Post on 2021-2-19 18:30:20 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-2-19 17:57
我觉得显然是因为普通dft没收敛到基态,当然前提是操作正常的话(基组方法一致)

嗯,有可能
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-21 02:45:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Kalinite 于 2021-2-21 02:55 编辑
wzkchem5 发表于 2021-2-19 16:06
电荷分离后的能量反倒比电荷分离前要低?
实验如果能观察到荧光的话,电荷分离态至少要比中性态高1eV吧 ...

我再次确认了Gaussian计算的波函数已经收敛到稳定波函数,在附件里提供了输出文件,以及NWChem的输入文件和输出信息(.nwout),比较过后确实是CDFT下能量更低,而且低很多,很是奇怪。
DFT下是-4194.6641637 a.u.
CDFT下是-4194.733401632529 a.u.
DFT的结构是两分子构成复合物的基态平衡结构,并且检查过没有虚频,CDFT是同结构下的电荷分离态。
所用的方法和基组是M06-2X/def2-SVP,为了统一特地把Gaussian里的D3都去掉了。
stablecheck.log (173.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
d2s1FCtoCTS.nwout (1.03 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)
d2s1FCtoCTS.nw (7.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)










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发表于 Post on 2021-2-21 11:54:43 | 只看该作者 Only view this author
你不能直接取高斯M062X与NWCHEM的M062X结果(无论用不用CDFT)相比,因为积分格点不一样。如果你想比,你得自己看NWCHEM手册,调整积分格点,让其与G16的ultrafine是一样的设置。

如果你不会这么做/搞不懂,你可以也用NWCHEM算一遍传统M062X,这样都用NWCHEM的M062X和CDF M062X相比,积分格点设置是一样的,才有可比性。

你不会已经这么不公平地比过不少分子了吧。。。
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发表于 Post on 2021-2-21 12:20:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-2-21 12:24 编辑
zjxitcc 发表于 2021-2-21 11:54
你不能直接取高斯M062X与NWCHEM的M062X结果(无论用不用CDFT)相比,因为积分格点不一样。如果你想比,你得 ...

还有一个问题是nwchem是cartesian基组,基函数个数比高斯多。

nwchem格点是第二周期49,434,第三周期88,590,应该不会产生太大的能量差别。

总之先拿nwchem算个dft看看吧

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发表于 Post on 2021-2-21 12:25:48 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2021-2-21 12:20
还有一个问题是nwchem是cartesian基组,基函数个数比高斯多。

nwchem格点是第二周期49,434,第三周期8 ...

高斯默认应该也是笛卡尔型的,orca默认是球谐的

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发表于 Post on 2021-2-21 12:33:43 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-2-21 12:25
高斯默认应该也是笛卡尔型的,orca默认是球谐的

不,高斯大部分基组都是spheric。不信你看看他的输出文件里面白纸黑字写着5D,7F

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发表于 Post on 2021-2-21 13:16:39 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2021-2-21 12:20
还有一个问题是nwchem是cartesian基组,基函数个数比高斯多。

nwchem格点是第二周期49,434,第三周期8 ...

确实NWCHEM输出文件是cartesian的,这有点坑啊。这个影响比积分格点还大一些。
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