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[GROMACS] 怎么根据盒子确认离子数量?

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怎么根据盒子的大小来确定离子的数量

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发表于 Post on 2025-4-10 10:18:13 | 只看该作者 Only view this author
离子摩尔浓度乘以盒子体积,再转化为离子个数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 11:21:44 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2025-4-10 10:18
离子摩尔浓度乘以盒子体积,再转化为离子个数

摩尔浓度是查文献得来的吗,还是先随便放几百对离子进行em和npt跑完一遍后根据跑后的体系浓度确定而来

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发表于 Post on 2025-4-10 11:32:28 | 只看该作者 Only view this author
恐龙 发表于 2025-4-10 11:21
摩尔浓度是查文献得来的吗,还是先随便放几百对离子进行em和npt跑完一遍后根据跑后的体系浓度确定而来

实验体系根据实验条件,非实验体系看溶解度,根据想要研究浓溶液还是什么溶液确定,或者直接做一系列梯度。体系浓度在构建模型的时候放入不同分子的数量就已经确定了

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发表于 Post on 2025-4-10 11:33:00 | 只看该作者 Only view this author
模拟条件当然只有自己清楚
要模拟实验条件下的情况当然得看实验文献,要么自己定个对你的研究有意义的浓度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 12:03:50 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2025-4-10 11:32
实验体系根据实验条件,非实验体系看溶解度,根据想要研究浓溶液还是什么溶液确定,或者直接做一系列梯度 ...

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 12:04:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-10 11:33
模拟条件当然只有自己清楚
要模拟实验条件下的情况当然得看实验文献,要么自己定个对你的研究有意义的浓度

谢谢

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