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[新手求助] 求助:由水分子参与的结构优化问题

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本帖最后由 现在就好 于 2021-2-28 15:51 编辑

我目前优化一个水分子和一个有机分子的复合物,使用B3lyp/def2svp方法和基组,在优化过程中发现水分子会撞击苯环(不应该发生这种现象),如图(图为部分结构,最上方的C原子为截断处C原子,周围的结构略去)。
不知道大家有没有什么好的解决办法,十分感谢!

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发表于 Post on 2021-2-27 09:31:31 | 只看该作者 Only view this author
(1)是def2svp不是def3svp;
(2)这种问题最好直接上传输入输出文件,这分子也没有保密性。有的人画的是A,算的是B,多氢/少氢自己没意识到,或者电荷、自旋多重度写错了也没意识到。
(3)如果你没加D3,计算完全错误;如果你加了D3却没说,那提问就故意缺失了重要信息。看
《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》http://sobereva.com/557
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-27 15:16:56 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-2-27 09:31
(1)是def2svp不是def3svp;
(2)这种问题最好直接上传输入输出文件,这分子也没有保密性。有的人画的是 ...

谢谢

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发表于 Post on 2021-2-28 14:36:28 | 只看该作者 Only view this author
你把苯的一个氢画成碳了。。。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-28 15:52:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-28 14:36
你把苯的一个氢画成碳了。。。

感谢回复,图为部分结构,最上方的C原子为截断处C原子,周围的结构被略去

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发表于 Post on 2021-2-28 18:08:29 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2021-2-28 15:52
感谢回复,图为部分结构,最上方的C原子为截断处C原子,周围的结构被略去

那我感觉可能是电荷问题,你确认你输入文件写的电荷是对的吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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