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[VMD] 请教各位,如何去掉模拟体系轨迹文件中的水分子

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本帖最后由 huhq 于 2023-1-6 22:29 编辑

NAMD模拟目标分子在水溶液中的动力学之后,得到轨迹文件dcd,如何把轨迹文件中的水分子去掉,只剩下目标分子的轨迹呢?非常感谢!

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发表于 Post on 2023-1-7 08:19:44 | 只看该作者 Only view this author
save coordinate保存新轨迹时选择语句用not water

选择语句的相关知识见
VMD里原子选择语句的语法和例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-7 09:52:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huhq 于 2023-1-7 11:28 编辑
sobereva 发表于 2023-1-7 08:19
save coordinate保存新轨迹时选择语句用not water

选择语句的相关知识见

该方法是否需要先调入轨迹文件后再选择保存目标分子,但在调入轨迹文件时VMD即崩溃了。请教sob老师是否有从轨迹文件中提取目标分子轨迹的其他方法。

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发表于 Post on 2023-1-8 05:41:07 | 只看该作者 Only view this author
huhq 发表于 2023-1-7 09:52
该方法是否需要先调入轨迹文件后再选择保存目标分子,但在调入轨迹文件时VMD即崩溃了。请教sob老师是否有 ...

载入过程中崩溃通常都是因为32bit VMD可调用内存太有限所致,按这里说的改用64bit版


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发表于 Post on 2023-1-8 17:10:30 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
如果轨迹太大,不好处理的话也可以用catdcd去掉水分子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-8 18:15:47 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师。问一下楼上,win10下需要另外加载catdcd插件吗?

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