如何在一个MD得到的平衡盒子体系的基础上继续建模

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-3-18 15:47:53

各位老师好，我通过GMX 在NPT系综下跑MD得到了一个已经平衡的结构文件eq.gro，我想用packmol在这个结构上方特定位置处再引入另一个结构B.pdb，请教老师应该怎么书写输入文件？谢谢！

limalvis · 发表于 Post on 2021-3-18 16:31:05

用UE改文件加进去然后高斯拖进去？不知道这个是否可行

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-18 17:24:27

把eq.gro和B.pdb同时载入VMD，拖动B.pdb里的分子到合适的位置，然后保存成gro文件，再把这个gro文件里的原子信息手动复制到eq.gro末尾，并修改第一行的原子数就行了。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-18 18:47:36

补充一下，vmd里可以用TopoTools::mergemols [list id1 id2 ... idn ] 来组合文件，其中id指的是vmd main窗口ID列对应的数字，组合后的顺序是和你输入的顺序一样的

lyj714 · 发表于 Post on 2021-3-18 18:59:49

本帖最后由 lyj714 于 2021-3-18 19:04 编辑

gmx insert-molecules is a very nice tool, especially its -ip option can generate all kinds of molecule configures according to input coordinate file provided by -ip.

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-3-18 22:14:52

lyj714 发表于 2021-3-18 18:59
gmx insert-molecules is a very nice tool, especially its -ip option can generate all kinds of molecu ...

感谢回复，gmx insert-molecules 这个命令是有一点了解的，在对结构随意填充时是比较方便的，想请问一下如果想在 8*8*10 nm的盒子里填充一个结构，同时使该结构中心位置固定在z=2nm 的平面上，应该怎么实现？

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-3-18 22:22:39

sobereva 发表于 2021-3-18 17:24
把eq.gro和B.pdb同时载入VMD，拖动B.pdb里的分子到合适的位置，然后保存成gro文件，再把这个gro文件里的原 ...

谢谢老师的回复，想请问一下老师除了在VMD中自己拖动外是否还有别的方式？我得到的eq.gro是一个8*8*10nm的盒子，想使新填入的B.pdb结构的中心位置固定在z=2nm的平面，这种是否可以实现？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-3-18 22:39:29

本帖最后由 lyj714 于 2021-3-18 22:56 编辑

侧耳倾听发表于 2021-3-18 22:14
感谢回复，gmx insert-molecules 这个命令是有一点了解的，在对结构随意填充时是比较方便的，想请问一下 ...

你还是了解不透彻，我都说了这个命令有个-ip选项，这个就是为了定点插入的。自己做一个精确位置坐标文本文件（三列数据，分别是x，y, z坐标位置）直接提供给-ip，想让插入的分子（事先处理下居中（0,0,0））在盒子的任何位置都可以，只要你提供合适的坐标文件.
我提供给你一个我写过的实际脚本实例（如下图，一部分），弄懂了这个进行分段模拟是很nice的（比如沉积等过程）。

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-3-19 09:33:49

lyj714 发表于 2021-3-18 22:39
你还是了解不透彻，我都说了这个命令有个-ip选项，这个就是为了定点插入的。自己做一个精确位置坐标文本 ...

好的，非常感谢指导！

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