求助：GROMACS计算后诸多RMSD的含义差别？

yygong · 发表于 Post on 2021-3-30 09:44:41

本帖最后由 yygong 于 2021-3-30 09:44 编辑

参考卢老师的Gromacs讲义中的单分子动力学特征的模拟和分子组装的模拟，跑完MD后，输入gmx energy -f md.edr 命令，11选择查看总能量收敛情况，在此处有RMSD=27.7316（图1 红色方框处）；在图1中，选择9 Temperature，也可看到RMSD值，但与图1的选择11 Total-energy不同得到RMSD值不同。
另外输入gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd.xvg -nomw，查看相对于第1帧（高斯优化所得能量极小化后的结构）体系的RMSD随时间的变化（图2）。

我的问题是：
1、图1中的RMSD具体有什么含义？
2、图1和图2中的RMSD有什么关联？
3、RMSD可以评价整体偏离初始结构的大小，刚性体系的RMSD比柔性体系RMSD小得多，用于对比评价如Actos这样小分子刚性、柔性大小该选择上述何种RMSD？
谢谢！

图1

图2，仅跑了1ns作为参考

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-3-30 21:48:53

I'm not pretty sure but I assumed is the rmsd of the energy value, at the end of the day the rmsd is a statistical measure so it can be applyed to any data you have not just to atomic position.

A recomendation will be to do RMSF and radious of gyration to get more information about the behaviour of the system.

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-31 13:05:22

1 图1的RMSD体现的是你当前选的总能量的波动情况
2 没有任何关联。图2体现的是结构的波动情况

yygong · 发表于 Post on 2021-3-31 15:14:09

rpestana94 发表于 2021-3-30 21:48
I'm not pretty sure but I assumed is the rmsd of the energy value, at the end of the day the rmsd is ...

谢谢你答复

yygong · 发表于 Post on 2021-3-31 15:14:55

sobereva 发表于 2021-3-31 13:05
1 图1的RMSD体现的是你当前选的总能量的波动情况
2 没有任何关联。图2体现的是结构的波动情况

谢谢sob老师

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