求助：力场里面算的非键能包括π-π堆积作用吗

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-12-9 17:14:59

1. COMPASS力场里面非键能包括范德华能和静电能，请问π-π堆积是包括在范德华能里面吗？2. 如果是，RDG把范德华作用和π-π堆积分开怎么解释。提前谢谢大家。

snljty · 发表于 Post on 2021-12-9 18:42:57

RDG里面没有分开呀。

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-12-9 20:02:29

snljty 发表于 2021-12-9 18:42
RDG里面没有分开呀。

我看有的文献中散点图不同范围分了范德华作用和π-π堆积，请问这两个是什么关系呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-10 09:18:03

1 是

比如下文基于GAFF力场，计算的18碳环与石墨烯之间的范德华作用就可以解释为是二者的pi-pi堆积作用，因为这是典型的pi-pi堆积体系

18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）

2 光从散点图上本身绝对没法区分，因为作用区域的电子密度都在0附近。要区分那也是针对三维空间中你已知出现的是普通范德华作用以及出现pi-pi作用的两个地方分别做RDG分析得到散点图。

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-12-10 20:12:38

sobereva 发表于 2021-12-10 09:18
1 是

比如下文基于GAFF力场，计算的18碳环与石墨烯之间的范德华作用就可以解释为是二者的pi-pi堆积作用 ...

谢谢sob老师

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-11 02:53:46

做过SAPT就知道，通常的π-π堆积是色散主导的，当然取向也看电荷分布(静电势，力场里一般就是原子电荷)。一般力场通过L-J 12-6势(当然也有像Merze用12-6-4，CFF包括COMPASS用9-6或者MMFF用14-7势的)描述。正儿八经成熟的立场拟合的参数基本是可以复现这种作用，就靠非键项，当然也有些力场通过芳环平面两侧虚拟点加电荷的方法试图更好地描述这类相互作用(比如OPLS3/4)

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 求助：力场里面算的非键能包括π-π堆积作用吗

浏览过的版块