求助，用gromacs做伞状采样

剑与玫瑰

老师们好，我最近在用gromacs做伞状采样，做的是约束力沿CO2和IL之间距离采样，我试过老出错误提示Fatal error:Group Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.
下面是我用的pull.mpd脚本，大佬看一下脚本有没有错，还有我的这个错误提示该怎样解决呢？
title       = Umbrella pulling simulation
define      = -DPOSRES_B
; Run parameters
integrator  = md
dt          = 0.002
tinit       = 0
nsteps      = 250000    ; 500 ps
nstcomm     = 10
; Output parameters
nstxout     = 5000      ; every 10 ps
nstvout     = 5000
nstfout     = 500
nstxtcout   = 500       ; every 1 ps
nstenergy   = 500
; Bond parameters
constraint_algorithm    = lincs
constraints             = all-bonds
continuation            = yes       ; continuing from NPT
; Single-range cutoff scheme
nstlist     = 5
ns_type     = grid
rlist       = 1.4
rcoulomb    = 1.4
rvdw        = 1.4
; PME electrostatics parameters
coulombtype     = PME
fourierspacing  = 0.12
fourier_nx      = 0
fourier_ny      = 0

fourier_nz      = 0
pme_order       = 4
ewald_rtol      = 1e-5
optimize_fft    = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl      = Nose-Hoover
tc_grps     = Protein   Non-Protein
tau_t       = 0.5       0.5
ref_t       = 310       310
; Pressure coupling is on
Pcoupl          = Parrinello-Rahman
pcoupltype      = isotropic
tau_p           = 1.0
compressibility = 4.5e-5
ref_p           = 1.0
refcoord_scaling = com
; Generate velocities is off
gen_vel     = no
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc     = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr    = EnerPres
; Pull code
pull                    = yes
pull_ngroups            = 2
pull_ncoords            = 1
pull_group1_name        = CO2

pull_group2_name        = IL
pull_coord1_type        = umbrella      ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry    = distance      ; simple distance increase
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_rate        = 0.01          ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_coord1_k           = 1000          ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_start              = yes           ; define initial COM distance > 0

wuzhiyi

tc_grps     = Protein   Non-Protein没找到temperature coupling group
要么直接tc_grps     = system 然后把tau_t和ref_t也改一下
要么自己make_ndx定义不同的group 然后加上－n index.ndx

sobereva

这体系里根本就没蛋白，你拿模拟蛋白质的mdp直接用显然会提示找不到名为Protein的组
没事别用all-bonds，这是很以讹传讹的选项

剑与玫瑰

sobereva 发表于 2019-6-16 00:46
这体系里根本就没蛋白，你拿模拟蛋白质的mdp直接用显然会提示找不到名为Protein的组
没事别用all-bonds， ...

多谢老师解答，本人小白一个，想问下有没有适合我这个体系的pull.mdp推荐呀，或者该脚本是不是部分改动也能用于我的体系？

剑与玫瑰

wuzhiyi 发表于 2019-6-15 17:37
tc_grps     = Protein   Non-Protein没找到temperature coupling group
要么直接tc_grps     = system 然 ...

多谢老师解答，tc_grps     = system这里改动我还能懂，tau_t和ref_t这里改动不太懂，望老师解疑一下

wuzhiyi

剑与玫瑰 发表于 2019-6-16 21:26
多谢老师解答，tc_grps     = system这里改动我还能懂，tau_t和ref_t这里改动不太懂，望老师解疑一下

tau_t 就是thermostat触发的时间间隔 有两个系统就有两个间隔
ref_t就是reference temperature同样有两个系统就有两个reference temperature

剑与玫瑰

wuzhiyi 发表于 2019-6-17 01:32
tau_t 就是thermostat触发的时间间隔 有两个系统就有两个间隔
ref_t就是reference temperature同样有两 ...

老师你好，我昨天试着把tc_grps     = system这里改了，跑完之后出现错误提示，这是什么原因该怎样修改呢
Fatal error:
Invalid T coupling input: 1 groups, 2 ref-t values and 2 tau-t values
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

wuzhiyi

剑与玫瑰 发表于 2019-6-18 08:30
老师你好，我昨天试着把tc_grps     = system这里改了，跑完之后出现错误提示，这是什么原因该怎样修改呢 ...

有两个系统就有两个reference temperature
tc_grps     = system的话就只有一个系统 所有一个值就够了

王寓于

请问这个问题您是如何解决的？我修改了对应部分
tc_grps     = system
tau_t       = 0.1
ref_t       = 300
但还是有这个报错。

liuzejiang

wuzhiyi 发表于 2019-6-15 17:37
tc_grps     = Protein   Non-Protein没找到temperature coupling group
要么直接tc_grps     = system 然 ...

多谢大佬，学习了

songyidan

我之前也遇到这样的问题，按照报错提示修改tau-t  ref-t的数量就可以，system 一般只输入一个就可以

Jan

sobereva 发表于 2019-6-16 00:46
这体系里根本就没蛋白，你拿模拟蛋白质的mdp直接用显然会提示找不到名为Protein的组
没事别用all-bonds， ...

请问老师，对于键参数约束除了all-bonds还有别的比较好的设定吗？谢谢老师!!

sobereva

Jan 发表于 2021-6-29 11:12
请问老师，对于键参数约束除了all-bonds还有别的比较好的设定吗？谢谢老师!!

没事甭瞎约束，只会引入人为虚假因素，等着挨审稿人批，还没有任何实际意义