如何选择合适的软件和基组计算弱相互作用？

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-7 12:11:48

老师，您好。我的体系包含两个分子，原子种类为C,H,N,O，大约100个原子，一个分子带有正电一个分子带有负电，我使用MD观察到出它们（聚合物在水中）能够形成C-H…N弱的分子间氢键，我现在想通过量化进一步证明它们之间的弱相互作用（使用sob老师的multiwfn），我目前在志强12核cpu主机使用高斯win64（b3lyp/6-31g(d)，em=gd3bj）化了三天还没结束（先使用sob老师的molclus进行了筛选）。（1）请问建议使用orca还是高斯linux版本；

（2）建议使用哪种计算级别分析弱相互作用（比如BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J、b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj等）。

biogon · 发表于 Post on 2021-5-7 12:18:43

甭用win的高斯，这玩意慢的要死

snljty · 发表于 Post on 2021-5-7 12:19:38

看卢老师博文《大体系弱相互作用计算的解决之道》
http://sobereva.com/214

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-7 12:55:02

构象搜索的批量优化阶段，用Gaussian的话用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*，用ORCA的话用B97-3c，后者性价比明显更高。在此之前可以先用molclus+xtb在GFN-xTB级别做更初步的筛选。

Multiwfn支持的弱相互作用分析方法众多，但哪种都对波函数质量要求并不高。通常B3LYP/6-311G**这种档次就够了。但也看具体情况，比如下文里介绍的基于BCP属性估计氢键键能的方法里面的参数是在B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP下拟合的，所以用的波函数最好也是这个档次
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

QZ档次基组对于做波函数分析完全浪费，只适合双杂化、后HF方法算高精度相互作用能的目的。

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-7 14:44:06

sobereva 发表于 2021-5-7 12:55
构象搜索的批量优化阶段，用Gaussian的话用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*，用ORCA的话用B97-3c，后者性价比明显更高 ...

好的，谢谢sob老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-5-7 16:31:20

可视化/证明有弱相互作用，和计算弱相互作用的能量/自由能，需要的理论级别很不一样，前者用double zeta基组就够了，后者至少要用triple zeta基组加BSSE校正。你得明确一下你需要的是哪个。

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-7 22:55:26

老师，我使用molclus结合orca优化结构出现这种结果，请问这是哪里出现问题了呢？我成功使用orca计算过例子。

snljty · 发表于 Post on 2021-5-7 23:07:16

zhangguangxu 发表于 2021-5-7 22:55
老师，我使用molclus结合orca优化结构出现这种结果，请问这是哪里出现问题了呢？我成功使用orca计算过例子 ...

你在什么地方写过chcp 65001？这个命令中间应该有个空格，是转cmd编码为UTF-8。不需要每次都执行，一开始执行一次就行。

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-8 08:23:59

snljty 发表于 2021-5-7 23:07
你在什么地方写过chcp 65001？这个命令中间应该有个空格，是转cmd编码为UTF-8。不需要每次都执行，一开始 ...

你好，我这是租了台机器，也不知道咋成了这样，我看网上说是path的原因修改了也不行，我也在cmd中打过chcp 65001但是也不行从中文提示变成了英文提示

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-9 08:54:12

老师们好，我重装系统后可以计算，但是计算的好慢，使用molclus和orca优化了一天第一个结构还没有结束，我先使用的B97-3c，过了几个小时没有结束我才换的基组。我看sob老师给的案例计算100附近原子四核很快就能算完，而我这个24核一夜没算完请问应该是哪里出了问题？下面是我的关键词，谢谢！
! BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2/J opt tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 60000
%pal nprocs 24 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-9 09:07:45

zhangguangxu 发表于 2021-5-9 08:54
老师们好，我重装系统后可以计算，但是计算的好慢，使用molclus和orca优化了一天第一个结构还没有结束，我 ...

def2-TZVP比B97-3c标配的基组明显更大，换成这个显然只会增加耗时。对于优化的目的毫无必要用def2-TZVP这么大的
我不记得我说过在B97-3c下“100附近原子四核很快就能算完”。
不要问什么怎么没有算完，要自行去监控优化过程，这是做计算的基本常识

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-9 09:30:46

sobereva 发表于 2021-5-9 09:07
def2-TZVP比B97-3c标配的基组明显更大，换成这个显然只会增加耗时。对于优化的目的毫无必要用def2-TZVP这 ...

sob老师，谢谢您的回复。我是看您《大体系弱相互作用计算的解决之道》里面计算DNA小片段-小分子复合物算了一个多个小时就完成了，所以想试试这个基组。

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-9 10:07:07

zhangguangxu 发表于 2021-5-9 09:30
sob老师，谢谢您的回复。我是看您《大体系弱相互作用计算的解决之道》里面计算DNA小片段-小分子复合物算 ...

那是算的单点
几何优化通常是单点耗时的几十倍
对于12核机子，DFT优化100原子左右的体系还是费劲的，至少你不能着急

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-5-9 11:08:30

sobereva 发表于 2021-5-9 10:07
那是算的单点
几何优化通常是单点耗时的几十倍
对于12核机子，DFT优化100原子左右的体系还是费劲的，至 ...

好的，谢谢老师

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