分子动力学模拟离子从水溶液转移到有机相过程的自由能的疑问

sun666

最近看到一篇文献，大概就是离子从水溶液转移到有机相的过程（加了0.2V/nm的电场E），计算了整个过程吉布斯自由能。对于其中计算的吉布斯自由能意义不是很明白。
每个状态都有一个自由能，这个自由能是包括从水相到有机相中溶剂化自由能变化，电场又是怎么对自由能改变的。文献已经上传。
这个自由能可以用gromacs直接给出吗还是需要用其他软件进行计算

另外利用自由能可以计算出速率常数吗。（课上问老师说可以但是没问明白到底是怎么计算的）
感谢老师！

naoki

GROMACS做比如伞形采样计算平均力势，可以得到穿过界面的自由能变化

sun666

naoki 发表于 2021-4-28 10:44
GROMACS做比如伞形采样计算平均力势，可以得到穿过界面的自由能变化

请教老师，这个算出的自由能，可以代表速率快慢吗

naoki

sun666 发表于 2021-5-11 09:16
请教老师，这个算出的自由能，可以代表速率快慢吗

阿伦尼乌斯公式了解一下

k64_cc

啊这……加电场之后不是平衡态了吧，还能做平衡态采样吗？

sun666

naoki 发表于 2021-5-11 12:37
阿伦尼乌斯公式了解一下

可是阿伦尼乌斯公式使用的活化能吧。