扩大盒子跑md报错：The largest distance between excluded atoms xxx nm

boqiang

目的： 构建如图所示的模型，左边放置有机小分子，中间为分子筛，右边为真空区，通过MD查看扩散轨迹及计算扩散系数等；

体系构建（周期性体系）：
1. MOR(448).cif 通过MS扩胞（4*4*8得到），体系大小为：7.3024*8.2136*6.0336nm，通过Multiwfn将cif格式转换成pdb格式和gro格式；
2. 将MOR(448).pdb 通过sobtop得到 MOR(448).itp 和 MOR(448).top；
3. 有机小分子（12.pdb）通过sobtop 得到 12.itp 和 12.top；
4. 将MOR(448).itp 中的 [ atomtypes ] 中的原子类型复制到 12.itp中，同时删除MOR(448).itp 中的 [ atomtypes ]字段内容；
5. 将 12.top 和 MOR(448).top整合，得到mix.gro;
6. md_PBC.mdp 添加 periodic-molecules = yes；

问题：
1. 在构建好的分子筛+小分子模型中，跑md，报错：The largest distance between excluded atoms 8.049 nm, which....错误信息；
2. 在删除掉小分子后，单独跑分子筛MOR模型，盒子放大，同样报 The largest distance between excluded atoms 8.049 nm, which....错误信息；
（盒子不放大能正常跑）
3. 在分子筛+小分子模型中，将盒子缩小为只有MOR范围时，跑MD报Fatal error，能量过大，原因可能就是因为盒子没有包含小分子的范围；
4. 单独分子筛MOR + 两边He墙，同样报错The largest distance between excluded atoms 8.049 nm, which....错误信息；

1. 请问是mdp文件参数设置不对吗？
2. 如何理解The largest distance between excluded atoms指的是哪个原子或者区域；
3. gromacs是否不适合构建这样的复合物体系研究？

sobereva

先得确保拓扑关系合理，当前有显而易见的问题

诸如bonded部分，724原子是图中黄球，拓扑文件里与之有bond项的801 809 16849 16850是图中蓝球，明显根本不符合实际的连接关系





gromacs跑这种体系毫无问题。跑不成功一定是自己有问题

boqiang

sobereva 发表于 2023-7-28 13:49
先得确保拓扑关系合理，当前有显而易见的问题

诸如bonded部分，724原子是图中黄球，拓扑文件里与之有bon ...

好的，明白了，谢谢sob老师。
因为MOR不是自己构建的，是课题组其他同事已经跑过VSAP了，一直以为这个初始结构没有问题。

sobereva

boqiang 发表于 2023-7-28 14:34
好的，明白了，谢谢sob老师。
因为MOR不是自己构建的，是课题组其他同事已经跑过VSAP了，一直以为这个初 ...

记住要设了真空区再让sobtop产生拓扑文件，不能先产生拓扑文件再设真空区，否则相当于有了跨真空区的键

boqiang

sobereva 发表于 2023-7-28 15:30
记住要设了真空区再让sobtop产生拓扑文件，不能先产生拓扑文件再设真空区，否则相当于有了跨真空区的键

好的，谢谢sob老师，明白了

LIEL

这种生成的晶胞会有周期性，跟VMD里面生成CNT一样，可以先gmx editconf把晶胞周围都加上真空，然后再转化为pdb，最后用sobtop生成top文件