已解决：gmx轨迹怎么转化为amber轨迹

16aDream · 发表于 Post on 2019-9-18 16:47:20

本帖最后由 16aDream 于 2019-9-18 17:10 编辑

用vmd读入gmx轨迹后，能输出xyz格式的轨迹，不过这个格式太大了，怎么转化成netcdf的轨迹格式呢？

16aDream · 发表于 Post on 2019-9-18 17:09:53

已查到可用cpptraj读入gmx轨迹输出amber轨迹

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-9-19 10:43:42

16aDream 发表于 2019-9-18 17:09
已查到可用cpptraj读入gmx轨迹输出amber轨迹

哈哈哈哈，自问自答
我怀疑你在水经验但是我没有证据

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-9-19 10:59:19

DoubeeTwT 发表于 2019-9-19 10:43
哈哈哈哈，自问自答
我怀疑你在水经验但是我没有证据

我怀疑你再借着机会水经验，但是我也没有证据

ezez · 发表于 Post on 2019-9-19 11:12:19

这个好用，要mark一下，不知道社长大大怎么看～

一般很少见到一篇文章里同时用GMX和Amber的～起码目前我没有见到

syjohn · 发表于 Post on 2019-9-19 12:45:39

ezez 发表于 2019-9-19 11:12
这个好用，要mark一下，不知道社长大大怎么看～

一般很少见到一篇文章里同时用GMX和Amber的～起码目前我 ...

对啊我也很好奇为什么用gxm跑完要转成amber 难道有什么计算必须要用amber集成的分析工具吗

ezez · 发表于 Post on 2019-9-20 10:38:24

syjohn 发表于 2019-9-19 12:45
对啊我也很好奇为什么用gxm跑完要转成amber 难道有什么计算必须要用amber集成的分析工具吗

估计是计算MM-GBSA之类的吧，GMX的那个印度插件没有Amber自带的好用～～

16aDream · 发表于 Post on 2019-9-20 15:53:25

syjohn 发表于 2019-9-19 12:45
对啊我也很好奇为什么用gxm跑完要转成amber 难道有什么计算必须要用amber集成的分析工具吗

其实是用的师姐的数据，不过我更熟悉amber就转过来了

16aDream · 发表于 Post on 2019-9-20 15:55:03

DoubeeTwT 发表于 2019-9-19 10:43
哈哈哈哈，自问自答
我怀疑你在水经验但是我没有证据

其实找到答案想删帖的不过没找到删除在哪

xtt · 发表于 Post on 2022-4-17 21:48:36

16aDream 发表于 2019-9-18 17:09
已查到可用cpptraj读入gmx轨迹输出amber轨迹

楼主可以分享一下怎么转的吗，xtc转crd

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[Amber] 已解决：gmx轨迹怎么转化为amber轨迹