求助用Amber做聚类，没有文件生成

Wey · 发表于 Post on 2023-9-20 15:29:36

本帖最后由 Wey 于 2023-9-21 09:10 编辑

用Amber聚类，脚本如下：
parm protein.parm7
trajin protein.nc
cluster C0 \
      dbscan minpoints 2 epsilon 0.1 sievetoframe \
      rms :1-200@CA \
      sieve 10 random \
      out cnumvtine.dat \
      summary summmary.dat \
      info info.dat \
      cpopvtime cpopvtime.agr normframe \
      clusterout trajfile \
      repout rep repfmt pdb \
      singlerepout singlerep.nc singlerepfmt netcdf \
      avgout Avg avgfmt restart
能够运行，会分析数据，但是没有文件生成，求问各位老师是什么问题呀，该如何解决

Serious · 发表于 Post on 2023-9-21 13:13:51

1）可能是Epsilon太小了，调大一点应该可以；

Wey · 发表于 Post on 2023-9-22 17:24:34

Serious 发表于 2023-9-21 13:13
1）可能是Epsilon太小了，调大一点应该可以；

好的好的！谢谢您~

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