如何将cp2k从头算输出的xyz轨迹文件中盒子两边的原子平移到盒子中

nusiew

大家晚上好，目前使用cp2k进行基于NVT系综的从头算分子动力学模拟，采用周期性边界条件，发现输出的xyz轨迹文件中有些原子跑到了盒子外面，按道理来说NVT和周期性一定条件下，有原子出了盒子必然要有原子进入盒子，盒子内原子数是一定的，出了盒子的原子不再记录到轨迹文件中，就像lammps输出文件一样，但是cp2k输出文件中记录的似乎是原子真实连续的轨迹坐标，包含了原子在盒子外的轨迹，并没有记录进入盒子的ghost原子坐标，也就是说，当原子穿过盒子边界时，cp2k记录真实的原子位置坐标（尽管它出了边界）而不是从盒子另一边穿入的ghost原子的坐标。

然而，在进行一些动力学性质分析时，需要将真实的轨迹坐标变换成原子都在盒子中的坐标文件，需要对盒子外的原子进行平移，就像lammps输出的轨迹文件一样。由于对这方面了解很少，请问上面的认识是否正确？怎样才能将原子坐标都变换到盒子中呢？谢谢大家！

函数与激情

VMD打开后，pbc wrap -all

nusiew

函数与激情 发表于 2021-9-24 22:31
VMD打开后，pbc wrap -all

非常感谢，问题已解决。
由于多帧xyz文件没有晶胞信息，我先采用了pbc set {a b c alpha beta gamma} -all 命令给每一帧添加晶胞信息，然后用pbc wrap -all获得周期性坐标。

Daming1ad

函数与激情 发表于 2021-9-24 22:31
VMD打开后，pbc wrap -all

请问转换完成后的周期性坐标能导出来吗