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[GROMACS] grompp报错No default LJ-14 types

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    尝试建立配体蛋白水溶液模型。蛋白.gro、.itp由pdb2gmx得到,配体由sobtop_1.0(dev3.1)得到。以pdb2gmx得到的蛋白top文件为基础,引入配体的top文件。由gmx加盒子加水,均无报错。    但在加抗衡离子时,使用命令"gmx grompp -f em.mdp -c complexsol.gro -p topol.top -o em.tpr"报错"No default LJ-14 types"(在lig2.itp配体的top文件中)
    我在lig2.itp中找到报错位置,均为"pairs"  1-4作用项。
    不是很明白该如何修改,先谢谢各位老师同学。
错误信息:
   
lig2.itp报错位置:


附件 error.zip (562.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 5) 中包含.top、.gro、.mdp文件。

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发表于 Post on 2023-3-18 19:05:53 | 只看该作者 Only view this author
在top文件里的[ defaults ]部分有没有写gen-pairs yes?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-18 20:19:36 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2023-3-18 19:05
在top文件里的[ defaults ]部分有没有写gen-pairs yes?

谢谢老师,确实是top文件里的gen-pairs的问题。我还想请教下,我调用的是gmx自带的 "gromos54a7/forcefield.itp",我修改gen-pairs也是去这里面改的。可以通过在自建的top文件里添加什么参数修改么?我去翻了手册,没有找到相关的提示。

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发表于 Post on 2023-3-18 20:56:50 | 只看该作者 Only view this author
MGET127 发表于 2023-3-18 20:19
谢谢老师,确实是top文件里的gen-pairs的问题。我还想请教下,我调用的是gmx自带的 "gromos54a7/forcefie ...

我不太确定你想要修改什么。
如果想要修改gen-pairs又不影响gmx里原本的参数,也可以把gromos54a7/forcefield.itp里面的内容复制到你的top文件里,同时删掉 #include “gromos54a7/forcefield.itp”。 forcefield.itp里复制过来的内容中路径可能需要修改一下。
另外还有别的解决报错的方法,比如直接在itp里删掉[ pairs ]部分 或者 在[ pairs ]部分补上参数。我不了解gromos力场也不太了解蛋白模拟,所以你需要自己判断一下。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-18 22:18:56 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2023-3-18 20:56
我不太确定你想要修改什么。
如果想要修改gen-pairs又不影响gmx里原本的参数,也可以把gromos54a7/force ...

好的,十分感谢老师。

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