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[波函数分析求助] 通过电子结构怎么分析分解反应路径?

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最近有一篇稿子,过渡态理论研究有机分子热分解路径。我做了这个有机小分子的分解路径过渡态分析,得到了几条分解路径。审稿人让我从电子结构分析为什么FZ从TS1分解比TS2容易(如图所示),他与推荐charge density电荷密度和ESP。
我的理解是,使用电子结构分析研究这两组化学键的强弱,但是因为键的类型不同,没法使用电子密度的方法。大家有没有好的建议,还请赐教?可以使用ELF分析键的强度么?在群里问了sob老师,推荐我使用ETS-NOCV方法,看了半天没搞明白。我看了这方面的文章发现主要就是讨论能垒了,如果有波函数分析方面的文章也给一下文章,感谢大家了。



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发表于 Post on 2021-8-11 20:28:39 | 只看该作者 Only view this author
如果不是必须用电荷来分析的话,其实从产物就能看出来了,N-O-N有很多个不成对电子,非常不稳定,连带着也就使得对应的过渡态不稳定。又或者从键级分析也可以,走TS1要断两根sigma键,形成两根pi键,走TS2断两根sigma键、两根pi键,形成两根pi键,TS2多断两根键,所以更难。如果一定要用波函数分析的方法,可以实际计算一下FZ各个键的键级
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2021-8-11 21:44:21 | 只看该作者 Only view this author
完全可以尝试用ETS-NOCV,对反应物结构,按照两种解离的方式定义不同的两个片段,考察片段间相互作用能,以及轨道相互作用特征

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html


此问题和静电势分析没有什么直接关系

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 14:05:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-11 20:28
如果不是必须用电荷来分析的话,其实从产物就能看出来了,N-O-N有很多个不成对电子,非常不稳定,连带着也 ...

键级分析我怕不靠谱,毕竟化学键的类型不一样,也没法比较

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 14:41:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-11 21:44
完全可以尝试用ETS-NOCV,对反应物结构,按照两种解离的方式定义不同的两个片段,考察片段间相互作用能,以 ...

用这个方法得到了总轨道相互作用能:TS1: 739.96kcal/mol,TS2:1566.54 kcal/mol。sob老师,如果没有解离成两个片段该怎么分析?就像这个分子的N-O断裂。

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发表于 Post on 2021-8-12 15:13:36 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2021-8-12 07:05
键级分析我怕不靠谱,毕竟化学键的类型不一样,也没法比较

问题不大,你可以查一下常见C-C、C-N、C=N、N-O键的键能,再对应你算出来的键级就能知道对应的能量变化了。
这个办法虽然经验性强一些,但是我觉得还比较靠谱,像你做能量分解出来轨道相互作用能差别800kcal/mol,但是实际总能量只差100kcal/mol,那么剩下的700kcal/mol你也没解释啊,光证明轨道相互作用能的差别和总能量差别同号显然不够,还需要证明其他能量组分足够小。相比之下,从键级和常见化合物的键能来算,忽略的能量基本是一些小项
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 15:37:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:13
问题不大,你可以查一下常见C-C、C-N、C=N、N-O键的键能,再对应你算出来的键级就能知道对应的能量变化了 ...

好的感谢,我试试去

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