gaussian和xtb结合，加快过渡态结构的寻找，原理是什么？

lufenghxu · 发表于 Post on 2021-5-17 22:46:19

对于分子体系大的结构，通过与xtb的联用可以提高搜索过渡态结构等用途的速度。不知为啥呢？单独使用xtb可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-17 22:50:40

因为GFN-xTB比Gaussian直接支持的半经验方法更稳，更普适，而且更快
xtb自己并没有常规方式的找过渡态功能（之前的版本更是完全找不了过渡态）
而且Gaussian+xtb联用在用gview可视化、监控收敛方面都很容易，还可以结合Gaussian丰富的控制收敛的关键词

lufenghxu · 发表于 Post on 2021-5-19 21:35:39

本帖最后由 lufenghxu 于 2021-5-19 21:40 编辑

sobereva 发表于 2021-5-17 22:50
因为GFN-xTB比Gaussian直接支持的半经验方法更稳，更普适，而且更快
xtb自己并没有常规方式的找过渡态功能 ...

对于gaussian中的gjf文件中各种不同泛函方法或者基组会影响xtb的计算吗？我尝试了一下，会影响收敛的步骤还有能量。是不是只有xtb优化到最后一步的结构才用选择的泛函和基组计算能量和其它参数？gaussian和xtb在结构优化中是如何协调分工的，gaussian把哪些计算工作交给了xtb，xtb反馈给gaussian什么结果？最后，提交gjf文件时为什么在案例中(http://sobereva.com/421)使用命令tee TS.out，而不是> ./TS.log(完整的g09 < ./TS.gjf > ./TS.log)？我尝试了一下，这样也可以运行，不知有何深意。

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-5-19 21:53:54

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-19 21:56 编辑

lufenghxu 发表于 2021-5-19 21:35
对于gaussian中的gjf文件中各种不同泛函方法或者基组会影响xtb的计算吗？我尝试了一下，会影响收敛的步骤 ...

tee能输出在屏幕上把，>是不输出在屏幕？如果没区别的话应该就是习惯问题。xtb负责算Hessian、力常数、能量和scf收敛，高斯应该是基于这个hessian提供算法

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 18:01:00

lufenghxu 发表于 2021-5-19 21:35
对于gaussian中的gjf文件中各种不同泛函方法或者基组会影响xtb的计算吗？我尝试了一下，会影响收敛的步骤 ...

原理上不会影响

靠接口运行时能量以及能量的导数都靠外部程序计算

|tee和>的差别google一下便知，是linux常识

zyyyzh · 发表于 Post on 2021-8-4 23:47:03

sobereva 发表于 2021-5-17 22:50
因为GFN-xTB比Gaussian直接支持的半经验方法更稳，更普适，而且更快
xtb自己并没有常规方式的找过渡态功能 ...

那xtb目前的Reaction Path Methods方法是特别不可靠吗？能用它生成的xtbpath_ts.xyz作为后续找TS的初猜吗？

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