使用VMD调整化学键坐标与坐标轴平行，图形界面没有原子编号且无法保存坐标

恒星建造指南 · 发表于 Post on 2020-8-15 17:14:46

本帖最后由恒星建造指南于 2020-8-15 17:26 编辑

利用Gaussian优化之后的结构，想要加电场，根据博文http://sobereva.com/177进行化学键与坐标轴平行的调整，所有的代码都是复制博文的原文，在输入alignbond 4 7后VMD图形界面有所变化，但是图形界面没有原子编号，所以不知道是不是已经调整正确。另外在点击File后，Save coordinates选项是灰色的，无法点击。请教一下大家，该如何解决？1.vmd图形界面无原子编号

2.vmd命令行

3.无法保存坐标

恒星建造指南 · 发表于 Post on 2020-8-15 19:11:18

问题已经解决了

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-16 11:45:10

贴图方式不正确，注意看置顶的新社员必读贴，以后注意

恒星建造指南 · 发表于 Post on 2020-8-16 12:25:20

sobereva 发表于 2020-8-16 11:45
贴图方式不正确，注意看置顶的新社员必读贴，以后注意

好的，下次一定注意

1971806673 · 发表于 Post on 2021-8-4 19:20:43

恒星建造指南发表于 2020-8-15 19:11
问题已经解决了

请问您的VMD存在的Save coordinates选项是灰色的，无法点击的问题是如何解决的？可以说一下吗？感谢

恒星建造指南 · 发表于 Post on 2021-8-4 19:56:51

1971806673 发表于 2021-8-4 19:20
请问您的VMD存在的Save coordinates选项是灰色的，无法点击的问题是如何解决的？可以说一下吗？感谢

我猜你应该是没有在VMD Main窗口里面选中需要保存的文件。左键选中试试

1971806673 · 发表于 Post on 2021-8-5 15:11:11

恒星建造指南发表于 2021-8-4 19:56
我猜你应该是没有在VMD Main窗口里面选中需要保存的文件。左键选中试试

非常感谢啊，昨天搞定了，就是没有选中的问题

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[建模与可视化] 使用VMD调整化学键坐标与坐标轴平行，图形界面没有原子编号且无法保存坐标

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