添加离子前，通过grompp命令获取tpr文件时报错，提示top文件没有SOL

15589655705 · 发表于 Post on 2021-8-27 14:20:48

大家好，在建立盒子，填充水，建立液态系统后，
添加离子平衡电荷步骤时，通过grompp命令获取tpr文件时报错，提示top文件没有SOL，但是我top文件的那一行明确写着SOL啊

请问是什么原因呢
附所有命令：
gmx_mpi editconf -f 314NP.gro -o 314NPnewbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

gmx_mpi solvate -cp 314NPnewbox.gro -cs spc216.gro -o 314NPsolv.gro -p 314NP.top

gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c 314NPsolv.gro -p 314NP.top -o ions.tpr

snljty · 发表于 Post on 2021-8-27 14:43:52

这个报错就是告诉你，你在[ molecules ]字段写了要有13915个叫SOL的分子，但是前面[ moleculetype ]字段根本就没有定义过一个name叫SOL的分子。检查你是不是忘了include水模型的itp了，或者水模型的itp被改不完整了。

牧生 · 发表于 Post on 2021-8-27 15:02:57

除了楼上的这种可能性，还有一种可能性是：在windowns下写的top文件，转移到了linux下再进行操作。
解决方法：安装dos2unix，然后使用命令dos2unix topol.top，将其转化一下。

楼主3万多行以后，才出现[ system ]。为何不将其新建一个itp文件，然后include进来呢？这样top就能简洁明了。

15589655705 · 发表于 Post on 2021-8-27 15:27:41

snljty 发表于 2021-8-27 14:43
这个报错就是告诉你，你在[ molecules ]字段写了要有13915个叫SOL的分子，但是前面[ moleculetype ]字段根 ...

你好，又出现了新的问题，金原子是也是有的，请问为什么没有发现呢

15589655705 · 发表于 Post on 2021-8-27 15:31:08

牧生发表于 2021-8-27 15:02
除了楼上的这种可能性，还有一种可能性是：在windowns下写的top文件，转移到了linux下再进行操作。
解决方 ...

新建一个ITP，修改过后，又出现了新的问题

snljty · 发表于 Post on 2021-8-27 15:46:32

15589655705 发表于 2021-8-27 15:27
你好，又出现了新的问题，金原子是也是有的，请问为什么没有发现呢

和之前的错类似，请注意区分[ atoms ]字段和[ atomtypes ]字段

xxxiao · 发表于 Post on 2023-10-17 17:02:14

您好，请问您最后怎么解决的呢？我试着用dos2unix转换，也试着把水的itp文件include进去也失败了。/期待

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[GROMACS] 添加离子前，通过grompp命令获取tpr文件时报错，提示top文件没有SOL