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[GROMACS] 请教Gromacs如何分析键能

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这篇文章做了分子动力学分析之后,进行了键长和键能的分析。我想请教gromacs如何分析键能呢?还是他是把结构转到量化软件再分析的键能?(doi.org/10.1021/jacs.6b11382

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发表于 Post on 2021-9-27 11:30:59 | 只看该作者 Only view this author
文中应当对计算细节有足够充分的说明,正文没写的话注意看SI。都没写清楚的直接发邮件问作者

分子力场级别的片段间作用能靠GROMACS的能量组就能算,更准确的计算需要量子化学程序,其中氢键作用能适合结合Multiwfn做AIM分析,可以把两个分子中某个氢键的键能单独算出来,见下文
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 14:43:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-27 11:30
文中应当对计算细节有足够充分的说明,正文没写的话注意看SI。都没写清楚的直接发邮件问作者

分子力场级 ...

看了下SI确实是用高斯算的。发的文章我好好研究一下

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