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[Gaussian/gview] 相同分子,不同朝向的Gaussian输出结果咨询

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各位老师好,遇到一个问题:同一个分子,输入结构进行了一定的旋转,放到高斯里面计算。按理说,高斯会先把这个分子转成标准朝向,随后再计算。所以以我的理解这样输出的所有结果应该基本一致才对。 算完后,我查看了计算结果,standard orientation基本一致,能量相关的(零点能,EHF)都一样,但是输出的dipole、dipolederiv、polar等一系列参数完全不同。不知道是我哪里认知错误,想请教各位老师原因是什么?

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发表于 Post on 2021-9-30 16:23:01 | 只看该作者 Only view this author
取决于你在哪里读的数据

archive部分输出的是输入朝向的

非archive部分输出的偶极矩是标准朝向的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-30 16:30:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-30 16:23
取决于你在哪里读的数据

archive部分输出的是输入朝向的

这样啊,我明白了,我的确读的是archive部分。这两个结果相互转换的方式您可否指点一下?感谢sob老师。

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发表于 Post on 2021-9-30 16:31:14 | 只看该作者 Only view this author
Markmahao 发表于 2021-9-30 16:30
这样啊,我明白了,我的确读的是archive部分。这两个结果相互转换的方式您可否指点一下?感谢sob老师。

绝对值是相同的(注意单位的差别)
“转换”没有任何实际意义,两个情况的结果都直接给你了,还转换什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-30 16:35:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-30 16:31
绝对值是相同的(注意单位的差别)
“转换”没有任何实际意义,两个情况的结果都直接给你了,还转换什么

也对 谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-3 12:54:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-30 16:31
绝对值是相同的(注意单位的差别)
“转换”没有任何实际意义,两个情况的结果都直接给你了,还转换什么

sob老师追加问您一个问题。 “转换”还是有点意义的,比如我把分子的朝向再变化一次,如果我知道如何转换,我就不用再算了,直接“转换”过去就好了? 我试着算旋转矩阵,发现好像不是简单的旋转关系,所以想再请教您这个问题。

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发表于 Post on 2021-10-4 18:38:53 | 只看该作者 Only view this author
Markmahao 发表于 2021-10-3 12:54
sob老师追加问您一个问题。 “转换”还是有点意义的,比如我把分子的朝向再变化一次,如果我知道如何转换 ...

你看看是不是还差一个质心平移的关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-4 21:54:14 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-10-4 18:38
你看看是不是还差一个质心平移的关系

谢谢您。是考虑到这个之后发现的问题,质心基本重合了,才发现不是简单的旋转关系

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发表于 Post on 2021-10-5 09:27:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-10-5 09:28 编辑
Markmahao 发表于 2021-10-4 21:54
谢谢您。是考虑到这个之后发现的问题,质心基本重合了,才发现不是简单的旋转关系

讲道理应该是质心平移到原点,然后旋转。如果你的质心没问题(完全重合,不存在“基本重合”这种模棱两可),剩下就是单纯的旋转。如果你觉得不是简单的旋转,要么是旋转矩阵弄错了,要么是单位弄错了(比如坐标Angstrom/Bohr,偶极矩Debye/a.u.等等)
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发表于 Post on 2021-10-5 11:30:42 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-10-5 09:27
讲道理应该是质心平移到原点,然后旋转。如果你的质心没问题(完全重合,不存在“基本重合”这种模棱两可 ...

偶极矩跟平移无关吧,没必要固定质心或几何中心旋转。LZ估计旋转顺逆弄反了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-5 13:42:47 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-10-5 09:27
讲道理应该是质心平移到原点,然后旋转。如果你的质心没问题(完全重合,不存在“基本重合”这种模棱两可 ...

谢谢!我现在开始怀疑是旋转矩阵弄错了,我再算算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-5 13:44:15 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2021-10-5 11:30
偶极矩跟平移无关吧,没必要固定质心或几何中心旋转。LZ估计旋转顺逆弄反了

谢谢!我再重新算一遍。

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发表于 Post on 2021-10-5 16:21:19 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2021-10-5 11:30
偶极矩跟平移无关吧,没必要固定质心或几何中心旋转。LZ估计旋转顺逆弄反了

电中性分子偶极矩和平移无关,带电荷的有关

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发表于 Post on 2021-10-5 17:29:34 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
scf 发表于 2021-10-5 16:21
电中性分子偶极矩和平移无关,带电荷的有关

与分子是否带电也没关系。偶极矩是矢量,矢量是平移不变的

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发表于 Post on 2021-10-5 21:11:39 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2021-10-5 10:29
与分子是否带电也没关系。偶极矩是矢量,矢量是平移不变的

不是,这个意思是说当分子带电荷时,偶极矩与坐标原点的选取有关,等效地说也可以说是和平移有关
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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