使用gaussian绘制分子结构时遇到碳正（负）离子时应该如何处理呢

丶Miuna · 发表于 Post on 2021-10-11 15:20:45

请问一下，在使用高斯绘制图中的类似A结构中的N+以及B结构中的C- 结构应该如何处理呢？
我之前是直接按照分子结构在N原子上连了4根键、B结构中的C原子只连了三根键，但是提交优化过后导致需要成键的碳原子（图中标出的2个C原子）的C-C键明显没有成键。B结构中的1分子与A分子间距离过大，请大佬解惑一下遇到这种问题应该如何处理

附：我提交优化的B结构的gjf文件以及优化后的log文件

log文件.zip (1.92 MB, 下载次数 Times of downloads: 9)

丶Miuna · 发表于 Post on 2021-10-11 15:22:51

补充B结构的gjf文件

876449830 · 发表于 Post on 2021-10-11 16:36:21

丶Miuna 发表于 2021-10-11 15:22
补充B结构的gjf文件

GV的键显示很机械，实际上只有空间坐标，设置charge和spin即可

丶Miuna · 发表于 Post on 2021-10-11 16:57:22

本帖最后由丶Miuna 于 2021-10-11 17:03 编辑

876449830 发表于 2021-10-11 16:36
GV的键显示很机械，实际上只有空间坐标，设置charge和spin即可

但是您看我的gjf和图，整个结构是电中性的，只是N原子呈现缺电子结构

丶Miuna · 发表于 Post on 2021-10-11 16:59:52

876449830 发表于 2021-10-11 16:36
GV的键显示很机械，实际上只有空间坐标，设置charge和spin即可

但是这个结构整体是中性的我设置的charge和spin分别是0 1

snljty · 发表于 Post on 2021-10-11 17:04:54

看卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》 http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
不推荐用GaussView直接提交作业，GaussView建模后用记事本或更高级的文本编辑器打开输入文件，手动改里面的内容，包括电荷和自旋多重度，以及关键词等，然后手动提交才是正道。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-11 17:05:40

丶Miuna 发表于 2021-10-11 09:59
但是这个结构整体是中性的我设置的charge和spin分别是0 1

仔细看http://sobereva.com/82的最后一节，以及http://sobereva.com/414的前两节

丶Miuna · 发表于 Post on 2021-10-11 17:09:03

snljty 发表于 2021-10-11 17:04
看卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》 http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
不推荐用Ga ...

我没有在高斯里直接计算。我是提交到xshell计算的输入文件如下

biogon · 发表于 Post on 2021-10-11 20:07:28

丶Miuna 发表于 2021-10-11 17:09
我没有在高斯里直接计算。我是提交到xshell计算的输入文件如下

那还是用高斯算的

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[新手求助] 使用gaussian绘制分子结构时遇到碳正（负）离子时应该如何处理呢