如何使用python脚本将添加吸附物的结构生成.arc文件？

915936476 · 发表于 Post on 2024-3-28 18:02:16

您好，请问有没有方法或者python包可以使用python脚本将结构生成.arc文件？
想实现一个python的批量数据处理生成的脚本，谢谢大家！

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-3-28 18:43:49

用ase，比如你的结构是一堆cif：
可以ase convert XXX.cif -o dmol-arc XXX.arc，当然批量的话可以用linux shell或者windows batch对命令嵌套，或者也可用ase.io的api来编写python脚本。

915936476 · 发表于 Post on 2024-3-28 21:15:28

卡开发发发表于 2024-3-28 18:43
用ase，比如你的结构是一堆cif：
可以ase convert XXX.cif -o dmol-arc XXX.arc，当然批量的话可以用linux ...

您好，感谢您的帮助，但是我用ase.io.write()保存文件时，他的format不支持arc，请问有什么方法解决嘛？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-3-29 09:19:18

915936476 发表于 2024-3-28 21:15
您好，感谢您的帮助，但是我用ase.io.write()保存文件时，他的format不支持arc，请问有什么方法解决嘛？

write函数里面需要增加一个参数write(...,format='dmol-arc')。

915936476 · 发表于 Post on 2024-3-29 16:26:31

卡开发发发表于 2024-3-29 09:19
write函数里面需要增加一个参数write(...,format='dmol-arc')。

非常感谢您的帮助，问题解决了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合讨论] 如何使用python脚本将添加吸附物的结构生成.arc文件？