计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1446|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] Gaussian计算水溶剂中有机物的自由能,在水溶液环境下做opt和freq可以吗?

[复制链接 Copy URL]

52

帖子

0

威望

229

eV
积分
281

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好,我做的体系是苯酚和羟基自由基在水溶液中的反应,最终求反应吉布斯自由能和反应速率。我看了这两篇文章使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》。我就不使用最理想的M05-2X/6-31G*级别算溶解自由能了。就以shermo那篇文章中瑞德西韦在水溶液的自由能计算方法。1、在真空中做opt和freq。2、水溶液中算高精度单点。3、将单点能代入settings.inishermo算出自由能然后加上1.89 kcal/mol。
  我的问题是:在方法第1、步的时候,可不可以在水溶液环境下做opt和freq?因为我之前做的opt和freq都是在水溶液环境下做的,如果非要在真空下做的话,我就需要重新再算一遍了。
                     还有一个问题是,我的体系算高精度单点的时候,用什么基组和泛函呢,m062x/def2TZVP 可以吗?(opt和freq用的m062x/6-31+g(d,p))
                     最后一个问题是我这个体系需要加色散校正吗?(em=gd3bj)
                     非常感谢各位老师的解答。

977

帖子

0

威望

1929

eV
积分
2906

Level 5 (御坂)

偽語言學家+註冊摸魚師

2#
发表于 Post on 2022-11-5 11:06:36 | 只看该作者 Only view this author
(1)可以在水溶液环境下做opt freq,与气相中的opt freq应该没啥差别,前提是中性的苯酚不是带负电的苯氧根离子
(2)你这个体系高精度单点可以上CCSD(T)或DLPNO-CCSD(T)
(3)色散校正加了没坏事不加白不加。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

52

帖子

0

威望

229

eV
积分
281

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-5 13:19:51 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-5 11:06
(1)可以在水溶液环境下做opt freq,与气相中的opt freq应该没啥差别,前提是中性的苯酚不是带负电的苯氧 ...

谢谢老师,我还有点问题
(1)后续反应苯酚成有机自由基了,自由基可以在水溶液环境下做opt和freq吗?要不我还是索性在真空下再算一遍吧。
(2)高精度单点CCSD(T)或DLPNO-CCSD(T)是泛函吧,基组还继续用m062x吗?

977

帖子

0

威望

1929

eV
积分
2906

Level 5 (御坂)

偽語言學家+註冊摸魚師

4#
发表于 Post on 2022-11-5 13:54:08 | 只看该作者 Only view this author
春华秋实 发表于 2022-11-5 13:19
谢谢老师,我还有点问题
(1)后续反应苯酚成有机自由基了,自由基可以在水溶液环境下做opt和freq吗?要 ...

(1)只要不是离子,可以做水溶液的opt freq
(2)CCSD(T)和DLPNO-CCSD(T)不是泛函,是后自洽场方法,基组用cc系列的。如CCSD(T)/cc-pVTZ。DLPNO-CCSD(T)用ORCA才能做。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

52

帖子

0

威望

229

eV
积分
281

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-5 15:57:08 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-5 13:54
(1)只要不是离子,可以做水溶液的opt freq
(2)CCSD(T)和DLPNO-CCSD(T)不是泛函,是后自洽场方法,基 ...

谢谢老师

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112551

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-11-6 11:16:08 | 只看该作者 Only view this author
算水中的反应,各个物质在溶剂模型下做opt freq相对于在真空下做,在结果精度层面总是有益无害,所以我总强调不知道该不该加溶剂模型就始终加上,免得必须加的时候初学者不加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

52

帖子

0

威望

229

eV
积分
281

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 12:08:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 11:16
算水中的反应,各个物质在溶剂模型下做opt freq相对于在真空下做,在结果精度层面总是有益无害,所以我总强 ...

知道了,谢谢社长。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 21:04 , Processed in 0.205751 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list