请问G16优化双配体Pd催化剂出现这类问题如何解决？

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-10-25 09:44:07

请教下各位大佬，我使用BP86/DEF2SVP几何优化双配体Pd催化剂，在气相中能够正常结束且无虚频。那么我在溶剂化模型及D3BJ情况下下优化结构总是不收敛。以下是我的所有输出文件。请问还有其他办法帮助收敛吗？

GoldenBaby · 发表于 Post on 2021-10-25 11:08:06

你好像没有尝试计算精确的Hessian矩阵吧

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-10-25 11:21:10

GoldenBaby 发表于 2021-10-25 11:08
你好像没有尝试计算精确的Hessian矩阵吧

应该如何计算精确的矩阵？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-25 11:33:48

上传一堆输出文件的时候，明确说清楚每个文件各对应什么，别让答疑者一个个去打开查看、去猜，不仅耽误答疑者的时间，还可能造成误解

甲苯的极性非常低，你这个体系又没有局部显著电荷，做opt freq完全没必要带溶剂模型。带了溶剂模型容易因为数值噪音使得个别情况下难收敛。加不加D3和是否能收敛没直接关系。

scf · 发表于 Post on 2021-10-25 11:45:41

qchem里有一种SWIG方法，据说收敛会好
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch12.S2.html

Q-Chem employs a Switching/Gaussian or “SWIG” implementation of these PCMs.523, 524, 525, 373, 521 This approach resolves a long-standing—though little-publicized—problem with standard PCMs, namely, that the boundary-element methods used to discretize the solute/continuum interface may lead to discontinuities in the potential energy surface for the solute molecule. These discontinuities inhibit convergence of geometry optimizations, introduce serious artifacts in vibrational frequency calculations, and make ab initio molecular dynamics calculations virtually impossible.523, 524 In contrast, Q-Chem’s SWIG PCMs afford potential energy surfaces that are rigorously continuous and smooth. Unlike earlier attempts to obtain smooth PCMs, the SWIG approach largely preserves the properties of the underlying integral-equation solvent models, so that solvation energies and molecular surface areas are hardly affected by the smoothing procedure.

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-25 15:45:46

scf 发表于 2021-10-25 04:45
qchem里有一种SWIG方法，据说收敛会好
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch12.S2.html

orca也有类似方法

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-10-25 16:23:30

sobereva 发表于 2021-10-25 11:33
上传一堆输出文件的时候，明确说清楚每个文件各对应什么，别让答疑者一个个去打开查看、去猜，不仅耽误答疑 ...

谢谢sob老师，我在仔细看看，因为源参考文献里面的溶剂是MTBE,想着甲苯和这个相似，因为做的Pd催化有机反应机理，想着优化双配体催化剂研究反应机理。

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-10-25 16:25:12

scf 发表于 2021-10-25 11:45
qchem里有一种SWIG方法，据说收敛会好
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch12.S2.html

我用高斯研究过渡态啊，不用qchem

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-25 16:47:04

红米饭1234 发表于 2021-10-25 09:23
谢谢sob老师，我在仔细看看，因为源参考文献里面的溶剂是MTBE,想着甲苯和这个相似，因为做的Pd催化有机反 ...

我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话，那就意味着MTBE的极性也非常低，所以opt freq可以不加溶剂；假如不能的话，那就意味着你这么替代是不成立的，应当去查MTBE的介电常数等信息，然后自定义溶剂

biogon · 发表于 Post on 2021-10-25 17:09:33

wzkchem5 发表于 2021-10-25 16:47
我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话，那就意味着MTBE的极性也非常低，所以opt freq ...

MTBE是醚，介电常数目测和甲苯差了很大了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-25 17:25:32

biogon 发表于 2021-10-25 10:09
MTBE是醚，介电常数目测和甲苯差了很大了

我也这么觉得，我感觉用乙醚代替MTBE都比用甲苯代替合适

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-26 11:36:48

wzkchem5 发表于 2021-10-25 16:47
我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话，那就意味着MTBE的极性也非常低，所以opt freq ...

MTBE的极性其实不小，但这也看极性怎么定义了，要是按照和硅胶的气相吸附吉布斯自由能的话这玩意快接近乙酸乙酯了，但是按照液相介电常数的话又是另一回事

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-10-27 09:57:29

biogon 发表于 2021-10-25 17:09
MTBE是醚，介电常数目测和甲苯差了很大了

不是啊

Toluene: ε=2.3741

MTBE :Dielectric Constant @ 20°C 2.6

MTBE的介电常数，第二页

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-10-27 09:58:37

wzkchem5 发表于 2021-10-25 16:47
我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话，那就意味着MTBE的极性也非常低，所以opt freq ...

MTBE的介电常数和甲苯差不多呀

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-27 15:29:05

红米饭1234 发表于 2021-10-27 02:58
MTBE的介电常数和甲苯差不多呀

查了一下，确实MTBE和甲苯比和乙醚更接近。那就说明优化结构时不需要考虑溶剂效应，因为甲苯一般是不用考虑的。当然如果溶质极性特别强另说

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