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[GROMACS] 求助:GROMACS能量最小化时遇见最大距离超过截断距离的问题

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想做在水中高分子界面与有机小分子的作用,但是在能量最小化时出现如下图所示的错误,百度以及论坛搜索也没找到答案,想请教各位老师,我的设置是哪里出错了呢,该如何解决。

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发表于 Post on 2022-8-5 10:28:51 | 只看该作者 Only view this author
加上periodic-molecules = yes再试
本论坛里就别提百毒那种垃圾搜索引擎了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-5 12:00:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-5 10:28
加上periodic-molecules = yes再试
本论坛里就别提百毒那种垃圾搜索引擎了

哈哈哈,好的好的,谢谢sob老师,我主要是还是在论坛找
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-5 12:05:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-5 10:28
加上periodic-molecules = yes再试
本论坛里就别提百毒那种垃圾搜索引擎了

老师,加了periodic-molecules = yes仍然出现一模一样的问题哎。这个错误是什么原因造成的呀,我把高分子链随机插入整个正方体盒子也会出现这个错误。
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发表于 Post on 2022-8-5 12:49:27 | 只看该作者 Only view this author
你的[ molecules ]里定义的分子顺序和water.gro完全不对应
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-5 13:53:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-5 12:49
你的[ molecules ]里定义的分子顺序和water.gro完全不对应

谢谢sob老师!我把pdb文件搞混了,改过来以后能正常运行了!
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发表于 Post on 2023-3-16 09:41:00 | 只看该作者 Only view this author
您好,我现在也遇到了这个问题,但是我不知道我是哪里的顺序乱了,我感觉没有错,想请教一下您调整的是哪里的顺序

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发表于 Post on 2023-3-16 09:50:09 | 只看该作者 Only view this author
ybli@hun 发表于 2023-3-16 09:41
您好,我现在也遇到了这个问题,但是我不知道我是哪里的顺序乱了,我感觉没有错,想请教一下您调整的是哪里 ...

楼主的top文件里面的[ molecules ]定义的顺序和分子的数量与water.gro文件的对不上

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-16 16:59:57 | 只看该作者 Only view this author
ybli@hun 发表于 2023-3-16 09:41
您好,我现在也遇到了这个问题,但是我不知道我是哪里的顺序乱了,我感觉没有错,想请教一下您调整的是哪里 ...

这个问题我遇到了几次,这次是因为初始文件gro,top分别是两次生成的,文件弄混了,导致楼上说的顺序和数量对不上的问题;我记得还有的是做能量最小化、NVT、NPT后修改盒子大小也会出现,因为周期性打开后人为修改盒子大小会导致断键,所以建议检查一下初始文件有没有问题或者有没有做改盒子的操作。
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