为什么在能量最小化的过程中，水分子跑到了二氧化硅层中？

yyy1996

模拟二氧化硅对水油体系的影响，体系建好后能量最小化过程中为什么水运动到了二氧化硅层中？另外，在模拟过程对使用了freezegroup对二氧化硅进行了限制，可是em后的结果显示二氧化硅仍然存在一定的位置变动？这是为什么？还请大家解答一下！谢谢大家！（mdp文件见附件）

yyy1996

补充一下，中间的水盒子是首先通过预平衡以及md模拟5ns之后的稳定构象，条件为xyz周期性条件。 然后去平衡后的构象与二氧化硅层组合，现在的条件为xy周期性，不知道是不是这个的原因？

yyy1996

有老师解答一下嘛？

Lacrimosa

周期性改成xyz三方向pbc还是不行吗？我看文献中用xyz的pbc没有这个问题

shun

请教楼主，二氧化硅层是怎么构建的？

yyy1996

shun 发表于 2020-7-29 14:32
请教楼主，二氧化硅层是怎么构建的？

MS晶体库中切面，然后扩展一下就可以了

yyy1996

Lacrimosa 发表于 2020-7-25 21:57
周期性改成xyz三方向pbc还是不行吗？我看文献中用xyz的pbc没有这个问题

好了  谢谢老师！

sdf

您好，请问一下，我也是用MS构建的结构，可是我在能量最小化时达不到收敛，请问你遇到过这种情况吗？该怎么处理呢？
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 1000 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887500e+04
Maximum force     =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force     =  3.9257707e+03

小潘潘

请问楼主用的什么力场？我也在做这类材料，不知道用什么力场会比较好？

Lacrimosa

小潘潘 发表于 2021-10-21 10:37
请问楼主用的什么力场？我也在做这类材料，不知道用什么力场会比较好？

二氧化硅可以用这里的10.1021/cm500365c

yyy1996

sdf 发表于 2021-8-13 11:09
您好，请问一下，我也是用MS构建的结构，可是我在能量最小化时达不到收敛，请问你遇到过这种情况吗？该怎么 ...

不要 开始就设置1000，从大到小多em几次。比如开始2000，然后1500，再1000这样。

moluren

请教楼主，我也是模拟二氧化硅气体吸附，请问楼主在模拟的过程中，经过能量极小化之后，做动力学模拟的阶段，会出现下面的报错嘛
Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms nan, max inf (between atoms 8882 and 8883)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
Wrote pdb files with previous and current coordinates
这是什么原因造成的呢，谢谢楼主。