求助：Gromacs实现分子在X、Y、Z方向复制的命令

hymn · 发表于 Post on 2021-12-24 13:45:17

求助：Gromacs实现分子在X、Y、Z方向复制的命令模型沿着Z方向进行镜像复制有命令可以实现吗

zaqxs234 · 发表于 Post on 2021-12-24 19:50:40

建模部分你用gromacs干嘛,又不是专门用来建模的软件。
建议：可以用MS在X、Y、Z三个方向做个超晶胞就可以达到你说的效果

hymn · 发表于 Post on 2021-12-25 13:44:34

zaqxs234 发表于 2021-12-24 19:50
建模部分你用gromacs干嘛,又不是专门用来建模的软件。
建议：可以用MS在X、Y、Z三个方向做个超晶胞就可 ...

请问MS可以做交联吗这里的建模时先交联再X、Y、Z方向复制后再次交联

zaqxs234 · 发表于 Post on 2021-12-25 13:48:04

hymn 发表于 2021-12-25 13:44
请问MS可以做交联吗这里的建模时先交联再X、Y、Z方向复制后再次交联

我不是很懂你所说的交联是什么意思？

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-25 18:51:25

gmx genconf命令就可以根据盒子信息在指定方向上平移复制体系特定次数，完全不需要其它工具。

牧生 · 发表于 Post on 2021-12-25 19:06:28

使用Multiwfn载入，选择300 7 19，就可以建立超胞，可以在XYZ方向复制

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