单点能计算结果与文献结果差别分析求助

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-9 15:28:34

本帖最后由计算小虫于 2021-10-9 17:23 编辑

各位老师好，
   我最近想学习一下文献中的单点能计算，采用和文献一样的方法和结构做了对比计算，但得到的结果和文献报道有差别，所以想请懂行的老师哈能够指点迷津，非常感谢。    文献中的结构和结果如下，在此，先考虑没有水分子参与情况下 EA（文献中称为activation energy）的计算。

   我对初始态（最左边的结构）计算，由于我对计算结果log文件中应该选取哪种能量不是非常清楚，所以采用两种方法进行计算，一种是频率计算，计算文件与结果见文件名6；另一种SP计算，计算文件与结果见文件名8。之后对过渡态（中间的结构）进行计算，也是采用两种方法，频率和SP计算分别见文件名3和文件名9。
   最终采用SP方法计算结果为0.57 KCAL/mol，文献结果为7.35KCAL/mol，差异不小，频率计算的能量我也不太清楚用其中的哪种。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-9 15:55:57

文献有没有加零点能？
你的结构是包括构象都和文献一样吗？是用文献SI给的分子坐标作为初始结构的，还是自己根据文献的图画的结构？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-9 16:19:07

把这两篇仔细看了
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488（http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html）
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

仔细看清楚文献的描述，弄清楚文献用的是电子能量还是某种热力学量

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-9 17:13:27

本帖最后由计算小虫于 2021-10-9 17:21 编辑

wzkchem5 发表于 2021-10-9 15:55
文献有没有加零点能？
你的结构是包括构象都和文献一样吗？是用文献SI给的分子坐标作为初始结构的，还是自 ...

文献没有说加没加零点能，文献中计算的EA称为activation energy。你看图片中的文献结果表下面说的是single point calculation，我用的文献SI给的结构，自己也优化过，一样的。

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-9 17:15:14

本帖最后由计算小虫于 2021-10-9 17:22 编辑

sobereva 发表于 2021-10-9 16:19
把这两篇仔细看了
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488（http://bb ...

好的，你看图片中的文献结果——表下面说的是single point calculation，不是单点能吗？还有就是文献中计算的EA称为activation energy。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-9 17:30:15

计算小虫发表于 2021-10-9 17:15
好的，你看图片中的文献结果——表下面说的是single point calculation，不是单点能吗？还有就是文献中计 ...

显然是单点能

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-10 11:11:52

sobereva 发表于 2021-10-9 17:30
显然是单点能

老师，怎么样在高斯view中给N上加上一个正电荷，OH离子的氧上加上一个负电荷？如果能加的话，不知道是不是在这个原因导致的结果不同。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-10 12:58:11

计算小虫发表于 2021-10-10 11:11
老师，怎么样在高斯view中给N上加上一个正电荷，OH离子的氧上加上一个负电荷？如果能加的话，不知道是不 ...

谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

看第6节

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-11 16:17:56

sobereva 发表于 2021-10-10 12:58
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

老师，计算文件中的热力学校正量怎么理解？为什么会有热力学校正量呢？

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-11 17:42:48

wzkchem5 发表于 2021-10-9 15:55
文献有没有加零点能？
你的结构是包括构象都和文献一样吗？是用文献SI给的分子坐标作为初始结构的，还是自 ...

初态构象是我画的，过渡态是文献中的。有个问题是像初态这种含有正负离子的构象优化，怎么做呢？也就是氢氧根离子位置如何确定才是最准确的呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-11 18:39:03

计算小虫发表于 2021-10-11 10:42
初态构象是我画的，过渡态是文献中的。有个问题是像初态这种含有正负离子的构象优化，怎么做呢？也就是氢 ...

按文献这个画法，文献应该是两个反应物分别算自由能，再加起来，作为反应物的自由能的，而不是放在一起算自由能的

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 19:53:20

计算小虫发表于 2021-10-11 16:17
老师，计算文件中的热力学校正量怎么理解？为什么会有热力学校正量呢？

看此文了解基本知识
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
shermo手册附录部分有热力学量的计算的基本原理

计算小虫 · 发表于 Post on 2021-10-12 11:12:42

wzkchem5 发表于 2021-10-11 18:39
按文献这个画法，文献应该是两个反应物分别算自由能，再加起来，作为反应物的自由能的，而不是放在一起算 ...

你说的是对的，手动赞啦。还有个问题是如果我想优化这种两个正负离子的结构，就是看成一个整体，学习的方向是什么呢？这是一个例子，再比如另一个例子，离子液体，我想整体优化这个结构。如何确定离子子建的距离和方位呢？距离可能Scan一下，但方位呢，有点头疼，请教一下。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-12 18:50:30

计算小虫发表于 2021-10-12 04:12
你说的是对的，手动赞啦。还有个问题是如果我想优化这种两个正负离子的结构，就是看成一个整体，学习的方 ...

需要做构象/构型搜索，参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-1-12 10:32:24

想问问下这篇文献出处

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