模拟过渡金属配合物萃取过程求助

sun666 · 发表于 Post on 2022-3-15 15:31:36

请教各位老师，对于Co2+与CL-形成的不同配合物，[Co(H2O)6]2+、[CoCL(H2O)5]+、[CoCL2(H2O)4]、[CoCL3(H2O)]-1、[CoCL4]2-，如何模拟这几种配离子被萃取剂萃取到有机相的过程。在Co2+与不同个数的CL-之间进行距离限制来模拟这几种形态可靠吗。是否有其他方法模拟CoCLx的力场参数（如有高人乐意帮忙，可有偿）。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-15 16:03:03

根本就不是靠距离限制实现的
直接考虑Co-Cl配位作用。这些体系的拓扑文件都能用Sobtop轻而易举地产生，看sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）和
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

sun666 · 发表于 Post on 2022-3-15 16:20:30

sobereva 发表于 2022-3-15 16:03
根本就不是靠距离限制实现的
直接考虑Co-Cl配位作用。这些体系的拓扑文件都能用Sobtop轻而易举地产生，看s ...

之前就听说社长要自己搞一个拟合力场的程序，没注意到社长已经搞出来了。赶紧去试试

sun666 · 发表于 Post on 2022-3-15 16:46:56

本帖最后由 sun666 于 2022-3-15 19:46 编辑

sobereva 发表于 2022-3-15 16:03
根本就不是靠距离限制实现的
直接考虑Co-Cl配位作用。这些体系的拓扑文件都能用Sobtop轻而易举地产生，看s ...

有一个关于水分子的问题请教社长，如[CoCl(H2O)]5+，这种配离子用sobtop产生参数的时候要去掉水分子吗，还是带着水一起产生。由于配位的CL-个数不同结构会改变，[CoCl(H2O)]5+的八面体[CoCL4]2-为四面体，所以水分子还是很重要的，不知如何进行考虑。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-16 01:44:19

sun666 发表于 2022-3-15 16:46
有一个关于水分子的问题请教社长，如[CoCl(H2O)]5+，这种配离子用sobtop产生参数的时候要去掉水分子吗， ...

H2O和Co是配位键，当然得带着水产生拓扑文件

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[GROMACS] 模拟过渡金属配合物萃取过程求助