求助：pmemd怎么使用CPU和GPU同时运行？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-12-19 15:20:48

老师，您好：

我在用amber软件跑一个体系，大约27万个原子。我用GPU跑的指令是pmemd.cuda -O -i prod.in -o prod.out -p glp1r_owl_popc.prmtop -c equil_5.rst -ref equil_5.rst -x prod.mdcrd -inf prod.info -r prod.rst &

但是体系跑的很慢，一天大约48ns。请问老师有什么方法可以同时使用GPU和CPU跑吗？或者有其它加速的方法？

谢谢老师！

abdoman · 发表于 Post on 2023-12-20 12:52:05

gpu 比cpu快得多。
如果觉得gpu不行，那就升级硬件, 优化软件。

换更快的GPU，优化安装时的参数，尽量用数据库，比如MKL。

https://ambermd.org/GPUPerformance.php
CELLULOSE_PRODUCTION_NPT - 408,609 atoms PME
--------------------------------------------
1 x H100 GPU:    |       ns/day =    108.91
1 x 4090 GPU:    |       ns/day =    119.04
1 x 4070TI GPU:  |       ns/day =    64.65
1 x 3090 GPU:    |       ns/day =    58.30
1 x A100 GPU:    |       ns/day =    77.98

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-12-20 14:34:14

纯GPU优化的MD软件，通常你加入更多的CPU核心会跑得更慢

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-12-20 14:34:40

纯GPU优化的MD软件，通常你加入更多的CPU核心会跑得更慢

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-12-21 19:51:02

好的，谢谢老师答复

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