一个手性分子opt任务直接报错的问题

panli · 发表于 Post on 2022-2-24 16:38:31

一个手性分子进行opt任务，确认了初始结构没有错误，但是任务一开始就报错，而另一个非对映异构体的opt可以正常进行，请问各位老师，任务报错是什么问题？报错log文件见附件。谢谢。

snljty · 发表于 Post on 2022-2-24 16:54:59

试试加上Opt=Cartesian

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-2-24 17:39:54

出问题的原因应该是分子中共轭二炔那边大量原子共线或近似共线，对应的二面角无法定义，造成数值问题。
可以尝试的方法：
（1）如楼上所说，用Opt=Cartesian；
（2）用最新版的G16版本（我遇到过，计算乙炔一步反应三聚成苯的过渡态，D3h点群，G09A报错而G09D正常）。
（3）用 Opt=ModRedundant 手动添加二面角 D 57 56 60 61 等。

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-2-24 18:53:10

用你的这个结构我的g16 b01 win版可以正常算。按楼上说的方法都可以试试。感觉27号C上H的位置可以调整一下

panli · 发表于 Post on 2022-3-1 14:30:47

在各位老师的帮助下已经可以正常运行，感谢各位老师的帮助

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