求助：gaussian如何清理临时文件

Ace2333 · 发表于 Post on 2022-2-28 09:49:47

之前看见有人分享过清除临时文件的脚本，但是小白一枚不会使用，最近运行gaussian运行到一半总是出现error#2070，弹出的报告要么显示运行到一半（没有错误，最底下一排数字），要么出现如下错误：Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.
想请教一下原因和解决办法
计算方法：#p M062x/6-31+G(d,p) opt=tight freq scrf(smd,solvent=water),计算结构为受阻酚，计算BDE,IP,PDE,PA,ETE

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-28 10:08:17

最土的办法，在没有任务运行的情况下，删除所有临时文件即可。

Ace2333 · 发表于 Post on 2022-2-28 10:20:20

牧生发表于 2022-2-28 10:08
最土的办法，在没有任务运行的情况下，删除所有临时文件即可。

临时文件在scratch文件夹里，但是把里面的全删了吗

exity · 发表于 Post on 2022-2-28 10:32:24

Ace2333 发表于 2022-2-28 10:20
临时文件在scratch文件夹里，但是把里面的全删了吗

是的

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-2-28 10:52:35

Ace2333 发表于 2022-2-28 10:20
临时文件在scratch文件夹里，但是把里面的全删了吗

正在运行中的任务的临时文件不能删，其它的都删了。
你要是搞不明白，可以先确保没有任务在跑，然后删光临时文件。
PS：在输入文件里加
%rwf=xxx
%NoSave
是个好习惯

Ace2333 · 发表于 Post on 2022-2-28 10:52:57

exity 发表于 2022-2-28 10:32
是的

我之后写算法将内存写成了800mb也不能改善这种情况，我看临时文件的数量也不是很多，所以出现我这种错误还有没有可能是别的原因

Ace2333 · 发表于 Post on 2022-2-28 10:55:27

北大-陶豫发表于 2022-2-28 10:52
正在运行中的任务的临时文件不能删，其它的都删了。
你要是搞不明白，可以先确保没有任务在跑，然后删光 ...

写上这个程序就能自动清除临时文件吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-28 13:05:56

Ace2333 发表于 2022-2-28 10:52
我之后写算法将内存写成了800mb也不能改善这种情况，我看临时文件的数量也不是很多，所以出现我这种错误 ...

甭把无关东西联系在一起
内存和这个有什么联系，分清楚内存和硬盘

仔细把此文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-2-28 14:58:23

Ace2333 发表于 2022-2-28 10:55
写上这个程序就能自动清除临时文件吗

%NoSave 表示把这个关键词前面提到的文件都在任务正常结束后自动删除
看看手册就知道了
加了这个关键词，可以让高斯每次生成的rwf都在当前目录而不是默认目录

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2022-2-28 15:04:27

程序正常结束后所有临时文件都会自动删除，只保留用%写出来的文件。
如果程序出错，所有临时文件都会保留，写了%Nosave也一样，还是得手动删。

Ace2333 · 发表于 Post on 2022-3-1 09:15:03

sobereva 发表于 2022-2-28 13:05
甭把无关东西联系在一起
内存和这个有什么联系，分清楚内存和硬盘

我拜读了安装帖子后重新安装后试了好几次依旧出现中断，实在是找不到原因了，之前一直算的好好的用6-31++G(d,p)基组算十几个小时也不会出现问题，因为时间太长才改了基组，但改了之后算香草醛还可以正常算，再接着算氢自由基的时候就开始出现这个问题，然后提交几次莫名其妙就自动好了，接着算现在这个结构就反复中断，昨天清了临时文件还是这样，实在是找不到原因了，我在帖子上看出现这Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.属于疑难杂症，想问一下大神有没有解决方法，或者这种情况可不可以续算

snljty · 发表于 Post on 2022-3-1 10:45:58

北大-陶豫发表于 2022-2-28 14:58
%NoSave 表示把这个关键词前面提到的文件都在任务正常结束后自动删除
看看手册就知道了
加了这个关键词 ...

感觉还不如export GAUSS_SCRDIR=`pwd`。而且如果报错了的话，%NoSave的文件一样会被留下了。如果没报错，不指定%rwf时候也会自动删除。提交任务的时候指定好作业号和任务路径，报错后就可以去找了。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-3-1 11:00:57

snljty 发表于 2022-3-1 10:45
感觉还不如export GAUSS_SCRDIR=`pwd`。而且如果报错了的话，%NoSave的文件一样会被留下了。如果没报错， ...

如果报错了的话，%NoSave的文件一样会被留下了。

很多情况下要的就是保留下来吧，比如你算个freq，算到一半突然断了，保留rwf的话就可以续算。

snljty · 发表于 Post on 2022-3-1 11:10:54

北大-陶豫发表于 2022-3-1 11:00
很多情况下要的就是保留下来吧，比如你算个freq，算到一半突然断了，保留rwf的话就可以续算。

那属于突然中断，默认就会被存下来的。（其实程序未捕获的异常报错技术上也没有办法先把临时文件删了）

snljty · 发表于 Post on 2022-3-1 11:19:28

Ace2333 发表于 2022-3-1 09:15
我拜读了安装帖子后重新安装后试了好几次依旧出现中断，实在是找不到原因了，之前一直算的好好的用6-31++ ...

首先几乎所有情况这个基组（6-31++G(d,p)）都是不合适的。认真看上面回复，已经说了要你分清硬盘和内存。这不是那个贴子里说的疑难杂症，那个后面没有from FileIO的提示，而这个提示很明确就是没法往硬盘读写了。
在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html这个贴里搜NtrErr Called from FileIO而不是只搜NtrErr Called from。

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